Bash腳本：重命名輸出目錄

Question

我做了一個bash腳本來運行一個程序（Velveth），它將一個目錄中的所有Fasta文件（.fa）作爲輸入，並將結果放到一個新目錄中。

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename" 
done 

我可以循環拋出所有fasta文件，但每次迭代都會將結果重寫爲同一個文件夾。我怎樣才能重新命名每個迭代的輸出目錄？

我試圖給同名的文件：

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth "$filename" 21 -fasta -short "$filename" 
done 

，但它不工作。

謝謝。

Answer 1

我會電子書籍，你做的是利用它作爲輸出，並且之前也創造directoy文件不要創建與文件名稱相同的目錄。如果你想將輸出在同一個目錄中的文件，我建議這樣做：

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    mkdir ${filename%.*} 
    velveth ${filename%.*} 21 -fasta -short "$filename" 
done 

${filename%.*}將刪除該文件的後綴，從而使foo出foo.fa，這樣你不會創建目錄使用與文件完全相同的名稱...爲文件foo.fa創建目錄foo。

Answer 2

你可以嘗試這樣的事：

I=0 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename" 
    mv "folder/result" "folder/result$I" 
    I=$I+1 
done 

它會創建像result0result1等

Answer 3

到velveth第一個參數是輸出目錄，無一不您提供的腳本都是錯誤的

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename" 
done 

錯誤：目錄：所有

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth "$filename" 21 -fasta -short "$filename" 
done 

錯誤同一目錄等於輸出文件

velveth創建的輸出目錄，如果不存在的話，那麼我想，如果你傳遞一個參數，根據該文件的名稱將不會有問題：

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth "${filename%.*}" 21 -fasta -short "$filename" 
done 

給定的輸入文件/home/lpp/Desktop/test/test.fa，velveth將節省輸出文件在目錄/home/lpp/Desktop/test/test。

另一個選擇可能是爲了只是「補充」的東西的文件名來設置輸出目錄：

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth "$filename.out" 21 -fasta -short "$filename" 
done 

給定的輸入文件/home/lpp/Desktop/test/test.fa，velveth將輸出文件保存在目錄/home/lpp/Desktop/test/test.fa.out。