如何使用基於SIMPROF的彩色/符號點繪製nmds

Question

嗨，所以我想繪製我在r中的bray-curtis不相似矩陣中的組合數據的nmds。我已經能夠應用ordielipse（） ，ordihull（）和甚至改變基於由cutree（）創建一個hclst的）使用來自純素包沙丘數據

data(dune) 
Dune.dis <- vegdist(Dune, method = "bray) 
Dune.mds <- metaMDS(Dune, distance = "bray", k=2) 

#hierarchical cluster 
clua <- hclust(Dune.dis, "average") 
plot(clua, hang = -1) 
# set groupings 
rect.hclust(clua, 4) 
grp <- cutree(clua, 4) 

#plot mds 
plot(Dune.mds, display = "sites", type = "text", cex = 1.5) 

#show groupings 
ordielipse(Dune.mds, group = grp, border =1, col ="red", lwd = 3) 

甚至着色點只是由組因子（

例如顏色cutree

colvec <- c("red2", "cyan", "deeppink3", "green3") 
colvec[grp] 
plot(Dune.mds, display = "sites", type = "text", cex = 1.5) #or use type = "points" 
points(P4.mds, col = colvec[c2], bg =colvec[c2], pch=21) 

但是我真正想要做的是使用SIMPROF函數使用包「clustsig」，然後根據重要的分組對顏色點進行着色 - 這更像是一種技術編碼語言 - 我確信有一種方法可以創建因素串，但我相信有一種更有效的方式來做到這一點

繼承人到目前爲止我的代碼爲：

simp <- simprof(Dune.dis, num.expected = 1000, num.simulated = 999, method.cluster = "average", method.distance = "braycurtis", alpha = 0.05, sample.orientation = "row") 
#plot dendrogram  
simprof.plot(simp, plot = TRUE) 

現在，我只是不知道如何做下一步繪製NMDS使用由SIMPROF定義的分組 - 我如何使SIMPROF結果成爲一個因子字符串，而不用直接輸入它我自己它自己？

在此先感謝。

Answer 1

你寫過你知道如何從hclust對象獲得顏色cutree。然後閱讀clustsig::simprof的文檔。這表示simprof在其結果對象中返回一個hclust對象。它還返回numgroups這是建議的羣集數量。現在，您已掌握了使用您已知的 hclust所需的全部信息。如果您的simprof結果被稱爲simp，請使用cutree(simp$hclust, simp$numgroups)來提取對應於clustsig::simprof結果的整數向量，並將其用於顏色。

我從來沒有用過simprof或clustsig，但我從文檔中收集了所有這些信息。