在R包中編輯c函數時R CMD內部錯誤

我修改了phmm包中的C函數。現在我想重新編譯軟件包，但發生了以下錯誤。我該如何解決這個錯誤？在R包中編輯c函數時R CMD內部錯誤

$ cd ~/Desktop/phmmw 
$ R CMD build phmm 
* checking for file ‘phmm/DESCRIPTION’ ... OK 
* preparing ‘phmm’: 
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK 
* cleaning src 
* installing the package to re-build vignettes 
     ----------------------------------- 
* installing *source* package ‘phmm’ ... 
** libs 
*** arch - x86_64 
gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -I/usr/local/include -fPIC -g -O2 -c arms.c -o arms.o 
make: gcc-4.2: No such file or directory 
make: *** [arms.o] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘phmm’ 
* removing ‘/private/var/folders/r0/9qv15p6j59j6jtfq775k6j380000gn/T/RtmpIPgvDE/Rinst48317ea7/phmm’ 
     ----------------------------------- 
ERROR: package installation failed

來源

2012-01-31 moli

它看起來像你沒有GCC 4.2版，它是後（查看一下'在/ usr/bin'的'在/ usr/bin中/ GCC-4.x'）。如果你有它的地方，然後將它添加到您的$ PATH。你*可能*能夠創建一個名爲'gcc-4.2'的符號鏈接，它實際上指向了一個更高版本，並且看看該庫是否會用更新的版本進行編譯，但這不能保證。 – 2012-01-31 06:52:03

@ mathematical.coffee我的xcode的版本是4.2。我怎麼能把它添加到我的$ PATH？我對C.不熟悉，感謝您的幫助。 – moli 2012-01-31 07:08:11

不，不是'xcode'編譯器的版本，'gcc'。嘗試在你的命令行輸入「gcc --version」，你可能會有一個更新的。您收到的錯誤消息是無法找到版本4.2。試着輸入'which gcc-4.2'並查看可執行文件是否在任何地方。假設可執行文件是'/ usr/local/asdf/gcc/bin/gcc-4.2'，要將其添加到您的$ PATH中，您需要輸入'export PATH =/usr/local/asdf/gcc/bin：$ PATH'然後再次執行你的'R CMD'。（這只是告訴你的系統在哪裏可以找到程序'gcc-4.2'）。 – 2012-01-31 07:14:11

你R安裝過程中，用gcc配置在這樣的（次優）是，gcc-4.2命令是硬連線的。

所以，你需要

要麼提供一個命令gcc-4.2，通過一個符號鏈接最常見的做從gcc到gcc-4.2，
或更改R時，想必在文件$RHOME/etc/Makeconf在那裏你需要尋找CC
或通過做動態更改它CC=gcc R CMD build phmm

您可能需要修改的不僅僅是一個CC設置，可能CXX，LD和更多。它可能會像刪除-4.2零件一樣簡單。

來源

2012-01-31 15:28:10

謝謝。有用。 – moli 2012-02-08 20:17:31

很好聽！在這種情況下，通過點擊勾號符號來「接受」正確的答案是很常見的，只有你（如問初始問題的人）能看到的那樣。 – 2012-02-08 20:47:14

在R包中編輯c函數時R CMD內部錯誤

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