讀數鏈（+， - ）柱用fread，data.table包

我試圖用的fread讀取基因組比對到R的data.table這裏是對齊文件的快照：讀數鏈（+， - ）柱用fread，data.table包

USI-EAS28:1:100:1786:674#0/1 + 1_maternal 68326824  CTCAATTATACTGAAAGAAACACAATATATCATA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 
USI-EAS28:1:100:1786:940#0/1 + 16_maternal 11407541 CTATTAGTGACCTGCTGTGGGACCTTGGGATGGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 
USI-EAS28:1:100:1786:705#0/1 + 1_maternal 63849584 CTGAGGGTTTGTGTCAGGAAGGGGTGTGGAATTG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 0:T>C 
USI-EAS28:1:100:1786:1168#0/1 - 5_maternal 31381649 GCATCATTCATGAAACAATTTTCAAGAGAGGAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 
USI-EAS28:1:100:1787:582#0/1 + 10_maternal 54587781 CTACAATAATAATAGGGGACTAAAACACCCCACT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 
USI-EAS28:1:100:1787:62#0/1 + 10_maternal 70390747  CTATTTGCTACTGAATTGTTAATTTTAAAACAGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 
USI-EAS28:1:100:1788:573#0/1 - 7_maternal 92583837  CACTGTCAACATTAGACAGACCAATGAGACAAAG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 
USI-EAS28:1:100:1788:854#0/1 + 7_maternal 129611206 GTTTGTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCATTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 32:C>T 
USI-EAS28:1:100:1788:185#0/1 - 13_maternal 23694307 CAAACAAACTCAAAATGGACTATCGACTGAAAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 
USI-EAS28:1:100:1788:1339#0/1 - 13_maternal 33699510 TTAACTCTAGTTTTTAGGGATTGCAAATTAGACG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII 0 0:A>G

第二列報告讀取對齊的鏈（+爲正向，-爲反向）。不幸的是，fread試圖將這個列讀入一個整數，總是賦值爲0.這個列應該被看作是一個字符，或者甚至是布爾值。試圖玩弄參數sep和sep2沒有幫助。

來源

2013-03-13 Alvaro Gonzalez

感謝您的舉報。現在固定在v1.8.9提交849. +和-現在讀爲字符，測試添加。

順便說一下，我們還打算添加colClasses，以便您可以覆蓋fread檢測到的列類型。與fread有關的出色的待辦事項列表位於此處的源文件頂部：
https://r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/pkg/src/fread.c?view=markup&root=datatable

來源

2013-03-13 15:11:05

謝謝你，馬修。其實colClasses是第一個想到的，但正如你所知，它只能作爲read.table的參數;期待它也是fread的一個論據！ – 2013-03-13 15:59:12

@AlvaroGonzalez嗨。實際上並不需要'colClasses'。如果在'+'或'-'之後沒有數字，它現在將它讀作'character'。通常在幾個小時內（當它表示rev 849和status：current）時，可從[R-Forge repo]（https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=240）獲得。 – 2013-03-15 20:00:28

它像一陣微風，@MatthewDowle。非常感謝。 – 2013-03-18 17:15:38

讀數鏈（+， - ）柱用fread，data.table包

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