來自多個來源的集成R/markdown/pandoc書目？

看起來像一個簡單的問題：我有一個medline xml格式的pubmed組裝書目。這適用於pandoc-citeproc來格式化引用並在文檔結尾處生成引用列表。我現在想整合我使用的R包中的引文，並在pandoc中生成統一的書目（通過pandoc-citeproc）。來自多個來源的集成R/markdown/pandoc書目？

pandoc-citeproc將從我的medline xml中編寫yaml和json書目。在運行pandoc之前，我可以將R和medline引用（可能是手動的）合併。但是我沒有看到任何引用（）或pandoc-citeproc將會轉換爲medline和citation（）輸出爲可用於創建統一書目的通用格式。

感謝您的指點。

來源

2016-07-15 Nathan Siemers

我不知道pandoc-citeproc。它可以處理混合中線和BibTeX輸入嗎？如果是這樣，toBIbtex（引用（...））會讓你在那裏。或者它可以將medline轉換成BibTeX？請注意，您必須在toBibtex條目上進行一些手動編輯。 – user2554330

謝謝，是的，pandoc在「編譯」步驟中處理不同參考格式的能力是解決方案 –

我用中文提供包至R引文寫入文件

library(ggplot2) 
library(plyr) 
library(limma) 
library(bibtex) 
write.bib(c('bibtex', 'ggplot2', 'plyr', 'Biobase', 'limma'), file "R.citations.bib")

pandoc接受多個--bibliography參數。重要的是，如果書目文件名後綴識別，可以使用不同的書目格式（.medline是NCBI的XML格式）和pandoc似乎把一切融合在一起：
```
pandoc --bibliography bib.medline --bibliography R.citations.bib file.md -o file.docx 
```

來源

2016-07-16 18:32:00

來自多個來源的集成R/markdown/pandoc書目？

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