請檢查R命令

我做的Cooccur庫按照R.
請檢查R命令

> fb<-read.table("Fb6_peaks.bed") 
> f1<-read.table("F16_peaks.bed")

一切都確定了前兩個命令，我也可以顯示數據：

> fb 
> f1

但當我給下一個命令下面

> explore_pairs(c("fb", "f1"))

給出我得到一個錯誤消息：

 
Error in sum(sapply(tf1_s, score_sample, tf2_hits = tf2_s, hit_list = hit_l)) : 
    invalid 'type' (list) of argument

任何人都可以提出一些建議嗎？

來源

2011-08-19 Angelo

我的R是生鏽的，但是你的意思是寫'explore_pairs（c（fb，f1））'沒有引號，也許吧？ –

它不工作沒有引號。 – Angelo

哪些包是explore_pairs的？一個快速的谷歌和搜索的曲線並沒有說明你正在使用什麼;如果您可以鏈接到幫助頁面，我們將能夠看到方法 – ChrisW

儘管承諾將版本發佈到the article the authors published over a year ago的Bioconductor存儲庫，但它們仍未交付。附加到文章的gz文件不是我的安裝識別的表單。你真的應該與這個問題的作者相對應。

錯誤消息的性質表明函數期望不同的數據類。您應該查看help(explore_pairs)文件中參數的規範。如果期望2個矩陣，那麼在參數周圍包裝data.matrix可能會解決問題，但是如果期望由其中一個包創建類，那麼您需要採取必要步驟構建正確的對象。

爲explore_pairs確實存在（至少在MAN目錄），並說，第一個參數應該是一個特徵向量與其它附加條件的幫助文件：

\arguments{ 
     \item{factornames}{an vector of character strings, each naming a GFF-like 
     data frame containing the binding profile of a DNA-binding factor.

還有一個LOAD實用程序，load_GFF，這我假設是爲創建這樣的文件而設計的。

來源

2011-08-19 13:23:16

嗯，我確實安裝了它並且我已經寫信給作者... – Angelo

好的，謝謝。我會看到它。它不是用戶友好的:( – Angelo

我沒有說它不起作用，只是它不適合在我的GUI設置中安裝「開箱即用」。 –

嘗試重命名你的數據幀：名（FB）= C（「序列」，「開始」，「結束」）

檢查示例數據集的。列名如上所述。我設置了名稱，它的工作。

來源

2015-01-16 23:52:51 AAAL

請檢查R命令

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