總結基於R中的多邊形程度柵格值

我正在尋找提高速度和降低以下行的內存使用的方式比較快的方式：總結基於R中的多邊形程度柵格值

export <- raster(paste0(catch_dir,'/export_streams.rst')) 
    catchm_polyg <- readOGR(dsn = catch_dir, layer = 'catchment') 
    Model_10 <- extract(export, catchm_polyg, fun = sum, na.rm = TRUE)

這給我的總和所有來自export_streams.rst的值，以catchm_polyg作爲範圍。

我想爲不同的輸入數據做很多次。因此，代碼是function的一部分，然後在foreach循環中使用。這一切都在一定程度上正常工作。雖然代碼不適用於較大的輸入數據，因爲我顯然沒有足夠的內存（32GB，64位R版本）。計算時間也非常長。有關如何改進代碼的任何建議？

來源

2016-10-03 nowi

幾件事情要加快東西可能包括以下一些：

問自己：我可以先aggregate我的光柵使用和功能的駿馬分辨率？
內存：使用光柵包中的函數時，不要始終寫入內存。請嘗試在可能的情況下進行外部寫入，否則會出現內存錯誤。

如果您有多部分多邊形（SpatialPolygonDataframe對象）。只需運行一次提取函數，然後取消選擇然後運行函數。

# quickly summarise across multiple polygons 
allmyvals <- extract(myrast, myploys) 
myploys$sum_in_poly <- unlist(lapply(allmyvals , function(x) if (!is.null(x)) sum(x, na.rm=TRUE) else NA))

採取另一種方法出了光柵包或嘗試一些GetValues方法。見這些線程：
- https://gis.stackexchange.com/questions/130522/increasing-speed-of-crop-mask-extract-raster-by-many-polygons-in-r
- https://gis.stackexchange.com/questions/156663/really-slow-extraction-from-raster-even-after-using-crop

來源

2016-10-05 05:20:18

感謝您的回答。 '提取（myrast，myploys，fun = sum，na.rm = TRUE，文件名=「myfile.rst」，overwrite = TRUE）'這給了我作爲數字的總和。但是，如果我現在想要使用這個號碼（例如轉換爲其他單位），我該如何「抓住」這個號碼？因爲代碼顯然不寫一個名爲「myfile.rst」的文件。我也可以寫'extract（myrast，myploys，fun = sum，na.rm = TRUE，overwrite = TRUE）''。我不明白代碼實際上在哪裏「寫入文件」。 – nowi

O對不起。你是正確的寫外部不會使用extract（）。我做了相應的編輯。 –

總結基於R中的多邊形程度柵格值

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