R或Python的分層貝葉斯

Question

分層貝葉斯模型常用於市場營銷，政治學和計量經濟學。然而，我知道的唯一軟件包是bayesm，它真的是一本書的伴侶（貝葉斯統計和市場，羅西等人）我錯過了什麼？是否有R或Python的軟件包在那裏完成這項工作，和/或相關語言中的解決方案？

Answer 1

這裏有四本關於用R代碼書寫的分層建模和貝葉斯分析的書籍。

分層建模與分析空間數據（統計和應用概率專着）（精裝） http://www.amazon.com/gp/product/158488410X

數據分析的迴歸和多級/分層模型（作者） http://www.amazon.com/Analysis-Regression-Multilevel-Hierarchical-Models/dp/052168689X/ref=pd_sim_b_1

計算其中R貝葉斯（使用R）（平裝） http://www.amazon.com/Bayesian-Computation-R-Use/dp/0387922970/ref=pd_bxgy_b_img_c

環境科學的等級建模：統計方法和應用離子（牛津生物）（平裝）（我假設這個人有R代碼，因爲這兩個作者廣泛使用R）

我知道一些python書涉及多元分析（例如集體智慧），但我沒有看到任何真正深入到貝葉斯或分層建模。

Answer 2

有OpenBUGS和R幫助程序包。退房格爾曼的網站爲他的書，其中有大部分的相關鏈接：

• http://www.stat.columbia.edu/~gelman/software/
• Example of computation in R and Bugs

在Python端，我只知道PyMC的：

• http://code.google.com/p/pymc/
• An example statistical model

編輯：增加了一個鏈接到Gelman的書中適當的附錄，可在線獲得，例如使用R和BUGS。

Answer 3

對於R，MCMCpack有幾個分層模型，據我所知，它是許多常見模型類型中最快的採樣器。 （我寫了[等級項目響應] [2]模型。）

[RJAGS] [3]的名字聽起來像。編寫一個jags-flavored .bug模型，在R中提供數據，並從R中調用Jags。

Answer 4

lme4軟件包使用頻率主義方法估計分層模型，它有一個函數mcmcsamp，允許您從後面進行採樣使用MCMC分配模型。目前這隻適用於線性模型，很不幸。

Answer 5

在python中，試試PyMC。這裏有一個多級建模的例子：http://groups.google.com/group/pymc/browse_thread/thread/c6ce37a80edf7f85/1bfd9138c8db891d

Answer 6

我在R中結合JAGS（Linux）或有時候WinBUGS（Windows或Wine）應用分層貝葉斯模型。如上所述，查看Andrew Gelman的書。