「我; 16」圖像文件的numpy.array

我想使用TIFF圖像來有效地保存大量測量數據。將它們設置爲mode =「I; 16」（對應於我的16位數據範圍），它們產生2MB文件（〜1000x1000「像素」）。這很好。「我; 16」圖像文件的numpy.array

但是，我有麻煩重新將它們轉換成數組，當分析它們。對於32位數據（ - >「I」），numpy.array命令正常工作。在「I; 16」的情況下，結果是具有TIFF作爲[0,0]條目的0D numpy數組。

有沒有辦法讓這個工作？我真的很想避免使用32位圖像，因爲我不需要這個範圍，所以它需要兩倍的硬盤空間（很多很多的測量計劃......）

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2011-10-07 Jakob

你能告訴我們代碼如何加載圖像嗎？你在使用PIL的'Image'類嗎？ –

我使用Image類，並加載圖像我只是使用Image.open（「im.tif」） – Jakob

PIL bug：http://stackoverflow.com/questions/7247371/python-and-16-bit-tiff – mankoff

這應該工作（pillow/PIL解決方案，對於16位圖像慢，見下文）。

from PIL import Image 
import numpy as np 

data = np.random.randint(0,2**16-1,(1000,1000)) 
im = Image.fromarray(data) 
im.save('test.tif') 

im2 = Image.open('test.tif') 
data2 = np.array(im2.getdata()).reshape(im2.size[::-1])

由C. Gohlke（非常快）使用tifffile另一種解決方案：

import tifffile 

fp = r'path\to\image\image.tif' 

with tifffile.TIFFfile(fp) as tif: 
    data = tif.asarray()

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2011-10-10 17:52:35 otterb

我設法以某種方式沒有注意到你的答案之前，我張貼我的。我同意，這是最好的解決方法，但我認爲你需要重新排列整形的大小......它應該是'... reshape（im2.size [:: - 1]）' –

謝謝，那很完美 – Jakob

對！ im.size =>（寬度，高度），但我們希望我們的numpy數組在（高度，寬度）。感謝您的更正。 – otterb

你可以使用GDAL + numpy的/ SciPy的讀取與16位通道數據的光柵圖像：

import gdal 
tif = gdal.Open('path.tif') 
arr = tif.ReadAsArray()

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2011-10-10 18:21:24

將（ImageJ）TIFF轉換爲8位numpy陣列

im = numpy.array(Image.open('my.tiff')) 
n = (im/numpy.amax(im) * 255).astype(numpy.uint8)

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2017-04-18 20:31:31

「我; 16」圖像文件的numpy.array

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