將數據幀轉換爲KEGGGraph

Question

我想將數據幀轉換爲KEGGGraph對象。我的數據幀包含兩個路徑的交集，我想繪製它（VAR 16在下面的代碼）

retrieveKGML(pathwayid='05014', organism='hsa', destfile='hsa05014') 
var12 <- system.file("extdata/hsa00020.xml",package="KEGGgraph") 
var13 <- parseKGML2DataFrame(var12, reactions=FALSE) 
var14 <- system.file("extdata/hsa05014.xml",package="KEGGgraph") 
var15 <- parseKGML2DataFrame(var14, reactions=FALSE) 
var16 <- intersect(var13, var15) 

Answer 1

看起來你正在尋找讓var14在錯誤的目錄中的文件，而是你可以加載您最近下載的文件：

library(KEGGgraph) 
retrieveKGML(pathwayid='05014', organism='hsa', destfile='hsa05014') 
var12 <- system.file("extdata/hsa00020.xml",package="KEGGgraph") 
var13 <- parseKGML2DataFrame(var12, reactions=FALSE) 

var15 <- parseKGML2DataFrame("hsa05014", reactions=FALSE) 

另外，我想你想merge，而不是intersect

var16 <- merge(var13, var15) 

何不過這會產生一個data.frame，結果爲零，這讓我認爲這些序列可能從不重疊在首位。