用二元響應變量繪製系統發生邏輯迴歸

Question

我用phylolm包進行系統發育對比分析。由於我的響應變量是二進制數據（1和0），我使用了系統發育邏輯迴歸。

如何繪製phyloglm的輸出？我發現了類似的問題here，但我無法理解答覆。能否請你提供一些關於如何繪製結果的建議，如下所示？

Answer 1

使用從?phyloglm的例子：

library(ape) 
library(phylolm) 
set.seed(123456) 
tre = rtree(50) 
x = rTrait(n=1,phy=tre) 
X = cbind(rep(1,50),x) 
y = rbinTrait(n=1,phy=tre, beta=c(-1,0.5), alpha=1 ,X=X) 
dat = data.frame(trait01 = y, predictor = x) 
fit = phyloglm(trait01~predictor,phy=tre,data=dat,boot=100) 

劇情（抖動）數據和響應（plogis()是邏輯函數 預測值是logistic(a+b*x);我們使用curve()與 add=TRUE畫線。 ）

par(las=1,bty="l") ## cosmetic 
plot(x,jitter(y,factor=0,amount=0.02), 
    xlab="trait",ylab="response",xlim=c(-3.5,3.5)) 
cc <- coef(fit) 
curve(plogis(cc[1]+cc[2]*x),col="red",add=TRUE) 

的OP的版本這個情節是

其中（雖然我們無法看到Y軸比例）是具有邏輯擬合完全一致的，爲約跨過中間範圍的線性預測值（曲線上端有一點減速）。