傳遞給os.system（）的shell命令失敗：sh：2：語法錯誤：「|」意外的

當我在bash中運行腳本時，出現錯誤：sh: 2: Syntax error: "|" unexpected。我不知道爲什麼，我想在這裏使用管道，並且使用該命令的perl腳本能夠工作，但我需要Python。輸入（文本文件）的傳遞給os.system（）的shell命令失敗：sh：2：語法錯誤：「|」意外的

例子：

Kribbella flavida 
Saccharopolyspora erythraea 
Nocardiopsis dassonvillei 
Roseiflexus sp.

腳本：

#!/usr/bin/python 

import sys import os 

input_ = open(sys.argv[1],'r') output_file = sys.argv[2] 
#stopwords = open(sys.argv[3],'r') 



names_board = [] 

for name in input_: 
    names_board.append(name.rstrip()) 
    print(name) for row in names_board:  
    print(row)  
    os.system("esearch -db pubmed -query %s | efetch -format xml | xtract -pattern PubmedArticle -element AbstractText >> %s" % (name, 
output_file))

來源

2016-11-05 MTG

如果用'print'替換'os.system'，會得到什麼？這看起來合理嗎？ –

你在使用什麼操作系統？你讀過「man esearch」，「man efetch」和「man xtract」嗎？ –

這個ubuntu，但這個程序是ncbi的eutilies。 – MTG

可能無關的問題是你沒有正確引述該命令的輸入和輸出文件名。使用

os.system('esearch -db pubmed -query "%s" | efetch -format xml | xtract -pattern PubmedArticle -element AbstractText >> "%s"' % (name, output_file))

然而，即使這不是萬無一失的所有法律文件名（如包含雙引號的文件名）。我建議使用subprocess模塊代替os.system，而使殼出來的過程的共

esearch = ["esearch", "-db", "pubmed", "-query", name] 
efetch = ["efetch", "-format", "xml"] 
xtract = ["xtract", "-pattern", "PubmedArticle", "-element", "AbstractText"] 
with open(sys.argv[2], "a") as output_file: 
    p1 = subprocess.Popen(esearch, stdout=subprocess.PIPE) 
    p2 = subprocess.Popen(efetch, stdin=p1.stdout, stdout=subprocess.PIPE) 
    subprocess.call(xtract, stdin=p2.stdout, stdout=output_file)

來源

2016-11-05 15:18:03 chepner

的問題是，name包含終止從輸入讀出的行中的換行。當您在shell命令中插入name時，換行符也被插入，然後shell將其視爲第一個命令的結尾。但是，第二行然後以管道符號開始，這是一個語法錯誤：管道符號必須位於同一行上的命令之間。

一個很好的提示，說明問題出在sh報告錯誤第2行，而該命令似乎只包含一行。然而，替代後，它是兩條線，第二條是有問題的。

來源

2016-11-06 00:48:53 rici

傳遞給os.system（）的shell命令失敗：sh：2：語法錯誤：「|」意外的

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