sh：1：語法錯誤：重定向意外的Python/Bash

Question

我的python cmd腳本有問題。 我不知道爲什麼它不起作用。也許我的代碼有問題。 我試圖通過我的python腳本在cmdline中運行程序。

並即時得到在bash錯誤 「SH：1：語法錯誤：重定向意外」

請使用Spyder的（Anaconda）的幫助我只是生物學家:)

流明/ Ubuntu的

#!/usr/bin/python 

import sys 
import os 

input_ = sys.argv[1] 
output_file = open(sys.argv[2],'a+')  
names = input_.rsplit('.') 

for name in names: 
    os.system("esearch -db pubmed -query %s | efetch -format xml | xtract -pattern PubmedArticle -element AbstractText >> %s" % (name, output_file)) 
    print("------------------------------------------") 

Answer 1

output_file是一個文件對象。當你做"%s" % output_file時，結果字符串就像"<open file 'filename', mode 'a+' at 0x7f1234567890>"。這意味着，使用os.system調用運行如下命令

command... >> <open file 'filename', mode 'a+' at 0x7f1234567890> 

的<的>>後導致「語法錯誤：重定向意外的」錯誤消息。

爲了解決這個問題，不要在你的Python腳本打開輸出文件，只是使用的文件名：

output_file = sys.argv[2] 

Answer 2

我上以下行類似的錯誤：

os.system('logger Status changed on %s' %s repr(datetime.now()) 

事實上，隨着遊牧類型表示問題在於運行普通的操作系統命令。該命令可能包含特殊字符。在我的情況下，這是<。

所以不是顯著改變操作系統命令，我剛添加的報價和這個作品：

os.system('logger "Status changed on %s"' %s repr(datetime.now()) 

行情使無形的殼傳遞參數的內容。