如何在python中插入頭文件到dotplot頻率表中

Question

我有兩個DNA序列產生點圖的代碼，但我不知道如何添加頭文件。我可以幫忙嗎？

def dotplot(seqx,seq2y): 
plot=[["" for x in seqx] for y in seqy] 
for xindex, xvalue in enumerate(seqx): 
    for yindex, yvalue in enumerate(seqy): 
     if xvalue == yvalue: 
      plot[yindex][xindex]=="*" 
return plot 

seqx = myseq 
seqy = myseq2 

dnaplot = dotplot(seqx, seqy) 
for row in dnaplot: 
    for column in row: 
     print column, 
    print 

所需的輸出：

a c t g c t g 
a * 
g  
g  *  
g       
a 
t   * 

Answer 1

有幾種方法，你可以生成表，用頭。你可以例如用一個額外的行和一個額外的列創建表（您稱爲plot，我已在下面的代碼中重命名爲table），然後用核酸序列中的字母填充額外的行和列。這是如下所示：

def dotplot(seqx,seqy): 
    table = [[" "*3 for x in range(len(seqx) + 1)] for y in range(len(seqy) + 1)] # increased the size of an element in the table (3 spaces) 

    # fill the column headers 
    table[0][1:] = [" %c " % (char,) for char in seqx] 

    # fill the row headers: 
    for row, char in zip(table[1:], seqy): 
     row[0] = " %c " % (char,) 

    # fill the content-part of the table 
    for yindex, yvalue in enumerate(seqy): 
     for xindex, xvalue in enumerate(seqx): 
      if xvalue == yvalue: # your decision logic: when to add a star 
       table[yindex + 1][xindex + 1] = " * " # Also added some spaces here 
    return table 

for row in table: 
    print(''.join(row)) # chain together the elements in each `row` list 

注意，我已經改變很少你的大部分功能dotplot的。只有遍歷表的順序（第一行，然後是行內的列）已被更改，並且已添加一個偏移量（例如，yindex + 1）以說明添加的行和列標題。

另一種方法是交織打印表格，打印行和列標題。在下面的代碼中，我已經導入了print-function，它增加了Python3的功能，使得Python2.7中的這個功能變得更加簡單。

from __future__ import print_function 

def dotplot(seqx,seqy): 
    table = [[" "*3 for x in seqx] for y in seqy] # increased the size of an element in the table (3 spaces) 

    # print the column headers: 
    print(' '*3 + ''.join(" %c " % (char,) for char in seqx)) # adds leading whitespace (for the row headers) and the characters from `seqx` with extra whitespace 

    # print the table 
    for yindex, yvalue in enumerate(seqy): 
     for xindex, xvalue in enumerate(seqx): 
      if xindex == 0: # first column -> add the row headers 
       print(' %c ' % (yvalue,), end='') 
      if xvalue == yvalue: # your decision logic: when to add a star 
       table[yindex][xindex] = " * " # Also added some spaces here 
     print(''.join(table[yindex])) 
    return table 

這兩種方法都將打印此表的表：

a c t g c t g 
a *     
g   *  * 
g   *  * 
g   *  * 
a *     
t  *  *  

我沒有改變的邏輯代碼中的指定時添加的明星。在邏輯只檢查覈鹼基之間是否相等的時刻（if xvalue == yvalue:），這就是爲什麼每次有匹配時你都會看到星星。我的猜測是這不是你想要的，所以你應該重新考慮這種情況下的邏輯。但是，您的問題涉及添加列標題和行標題，我希望這些標題可以讓您繼續。

此外，如果您正在使用核酸序列進行大量工作，則應考慮查看BioPython。