iranges

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    應用函數返回一個data.table，或直接將列表轉換爲data.table

    我想應用一個函數返回一個矩陣大型data.table對象的每一行（原始文件大約30 GB ，我有80 GB RAM），然後找回一個data.table對象。我想要有效地做到這一點。我目前的做法是： my.function <- function(x){ alnRanges<-cigarToIRanges(x[6]); alnStarts<-start(alnRanges)+as
    r dataframe data.table bioconductor iranges 2013-09-21

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    與包`IRanges`整數溢出在`R`

    問題 我使用的包[IRanges][1]和上午在需要對於由約10倍立交橋2^31非常長的序列準確的代碼。 從以下，似乎IRanges使用int32 ##### INSTALLATION FROM SRC CODE ###### ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bioconductor.org/b
    r int integer-overflow int32 iranges 2016-03-09

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    任何方式從嵌套列表中更優雅地提取命名的IntegerList？

    我有IntegerList中的位置索引列表，我打算按給定的閾值對它們進行過濾，並且效果很好。不過，我想爲每個IntegerList提取一個特定的過濾集以供進一步使用。我知道myList是嵌套列表，並且數據是基於真實數據集非常模擬的。有什麼方法可以輕鬆而優雅地檢索想要的IntegerList嗎？我怎樣才能使這種提取發生？ 要運行迷你例如，需要以下庫： library(IRanges) librar
    r list extraction iranges 2016-10-01

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    查找定義的一組範圍之外的所有範圍

    我想知道什麼是定義所有範圍的最佳方法，這些範圍不在給定的一組範圍內。舉例來說，如果我有已知座標一組基因： dtGenes <- fread( "id,start,end 1,1000,1300 2,1200,1500 3,1600,2600 4,3000,4000 ") 比方說，我知道，染色體的總長度（爲簡單起見，假設它們都是同一個染色體上）是10000。所以，最後我期望有間
    r bioconductor iranges 2013-11-28

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    獲取重疊

    在特定範圍我有兩個dataframes： cnv_1 chr start end 3 62860387 63000898 12 31296219 31406907 14 39762575 39769146 19 43372386 43519442 19 56419263 56572829 cnv_2 chr start end 6 30994163 30995078 19 4
    r dataframe overlap iranges genomicranges 2016-12-01

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    遍歷GRanges列表中的對象R

    我在循環GRanges列表時遇到問題。 我feature包含對象的列表： feature file: ... $Pol3 GRanges object with 205 ranges and 0 metadata columns: seqnames ranges strand <Rle> <IRanges> <Rle> 1 chr1 [
    r iranges 2016-12-01
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