imagej-macro

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我有一個概念性的問題，所以對於非特定的道歉。我是一名生物學家，並從事圖像分析工作。我正在研究方法出版物，其中包括使用我開發的ImageJ腳本進行圖像分析，並使用我們的R包進行數據分析。理想情況下，我們希望發佈我們的數據，分發宏，並通過Web應用程序提供分析結果。我們的目標是使這種方法適用於幾乎沒有電腦知識的人。所以我想了解是否需要將我的宏開發爲插件。到目前爲止，據我所知，開發一個插件可能會加速

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使用一組固定結果平滑數組的有效方法

可以說我有1000個數組只包含值0,1,2,3。我想要做的是去除其他值的海洋中的奇數值，例如。 0,0,0,0,0,1,0,0,0,0 - > 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0。一個簡單的移動平均並不真正的工作，因爲我總是必須返回值0,1,2,3，所以平均0,3,0 - > 1，這是錯誤的。我想出了這個看起來可以做的工作，但我想知道是否有一種方法可以更有效地做到這一點。這是一個Image

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如何從插件上的ImageJ

叫Z-功能早安目前我正在做一個插件ImageJ的JAVA中需要調用的函數「最大強度Z-投影」，我知道如果您使用「Image/Stacks/Z Project ...」，那麼已經在ImageJ中。文檔瀏覽：http://imagej.net/Z-functions#Maximum_Intensity_Z-projection 我知道如何從另一個調用插件的插件，但在這種情況下，我得到的所有時間我的

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在ImageJ中合併RGB通道Javascript宏

我從三個通道的.svs圖像中裁剪區域讀取並將作物保存爲.tiff圖像。目前，圖像正在使用單獨的RGB通道進行保存。我裁剪圖像是這樣的： var path = currentFolder + "images" + File.separator + imageName; var options = new ImporterOptions(); options.setId(path); opti

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批量合併圖像錯誤（x.tif不是「C2（綠色）：」的有效選擇）

我想將兩組熒光顯微鏡圖像合併爲綠色&藍色圖像，但我遇到了問題宏（以前沒有用過ImageJ）。我有一個FITC-images的文件夾被塗成綠色，一個DAPI-images的文件夾被塗成藍色。我一直在使用一個宏觀的這個修改後的版本我在網上找到： macro "batch_merge_channel"{ count = 1; setBatchMode(true); file

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設置顏色變量

我需要比較顏色。我想將一種顏色設置爲一個變量，然後將其與使用getPixel獲得的值進行比較。但是，以下不起作用。看起來像ImageJ並不知道basecolor中的值是一種顏色。 basecolor = 0xFFFFFF; rightpixel = getPixel(x, y); if (rightpixel == basecolor) count++;

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ImageJ：導出多個圖像的柱狀圖列表

經過數小時的嘗試和搜索相關主題，我沒有更進一步。我正在嘗試創建一個小型ImageJ腳本，用於分割圖片的通道，並保存爲具有增強對比度的.tif版本（本部分工作）並創建直方圖並將其值保存爲.csv（此部分不起作用，它不保存任何東西）。我不知道爲什麼它不起作用，所以這是我的整個代碼。 input = getDirectory("Input directory"); output = getDirec

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如何裁剪圖像在使用ImageJ /斐濟

網格的每一個元素我有12張圖像。我正在處理ImageJ/FIJI。然後我發電網（使用分析 - >工具 - >網格）大小2923779的（每點即區__像素^ 2），用於均勻所有圖像。它看起來像這樣：我想要做的是裁剪圖像的每個根據電網的每個元素之上，並保存每個作物爲一個文件。我該怎麼做？一個以上的文件可以被下載here（160MB）。

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在ImageJ（FIJI）宏中設置閾值和批處理

我知道這已經發布到其他地方，並且這不是一個難題，但我很興奮在FIJI編寫宏，並且很難理解各種在線資源中描述的解決方案我有一系列的圖像都在同一個文件夾，並希望對它們應用相同的操作，並將生成的excel文件和圖像保存在輸出文件夾中。具體來說，我想打開，平滑圖像，進行最大強度Z投影，然後將圖像閾值設置爲相同的相對值。這個閾值是導致問題的一個步驟。通過相對值，我的意思是我想設置閾值，以便包括強度直方圖

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ImageJ：在Python腳本中使用selectionType（）時的NameError

我是ImageJ的新手，並試圖使用Python（在ImageJ宏編輯器中）重新創建以下宏。 s = selectionType(); if(s == -1) { exit("There was no selection."); } else if(s != 10) { exit("The selection wasn't a point selection."); }