要在同一個PDF中並排顯示兩張熱圖R

Question

我試圖在相同的png或pdf中並排顯示兩個或多個熱圖。佈局或mfcol不起作用的情況下。有人能幫我解決這個問題嗎？

Answer 1

至於heatmap.2的幫助文件中所述，

「heatmap.2（）」用途「佈局」，並繪製在一個2x2佈局的下 右下角的「形象」。因此，它可以在多列/行佈局中使用，即當'par（mfrow = *）'或 '（mfcol = *）'被調用時，它可以是而不是是 。

熱圖的情況也是如此。

Answer 2

這是一種做法。這是非常黑客，但我認爲，當一個功能沒有做你想做的事情時，最好的解決辦法就是讓它做到這一點。
功能heatmap.2包含中途以下三行通過它的代碼：

... 
op <- par(no.readonly = TRUE) 
on.exit(par(op)) 
layout(lmat, widths = lwid, heights = lhei, respect = FALSE) 
... 

正是因爲有了他們，既然覆蓋它，你不能使用layout和par(mar=...)。 heatmap.2的代碼複製到一個新的功能（比如heatmap.3），並刪除這些三條線：

heatmap.3 <- function(... #etc etc with the exact same code minus those 3 lines 

然後你的代碼產生你的兩個熱圖並排會，例如：

layout(rbind(c(4,3,8,7),c(2,1,6,5)), 
     widths = c(1,2,1,2), heights = c(1,2), respect = FALSE) 
heatmap.3(x) 
heatmap.3(y) 

在準備佈局時，請記住熱圖代碼首先繪製熱圖本身，然後繪製「行」樹形圖，然後繪製「col」樹形圖，最後繪製直方圖，因此從上到下，從左到右的順序是4， 3,2,1表示當兩個熱圖並排時，它變爲4,3,8,7,2,1,6,5。

Answer 3

具有完全相同的問題後，我想出了以下解決方案：

1）使用GGPLOT2使用樹形圖的熱圖喜歡這裏：Reproducing lattice dendrogram graph with ggplot2，然後用的multiplot安排（）函數（http://www.cookbook-r.com/Graphs/Multiple_graphs_on_one_page_%28ggplot2%29/）

2）但是，這是很多工作，我想堅持使用基本的heatmap（）函數。以下是簡單的（雖然不是純R），如果你有安裝ImageMagick的Linux上工作：

m <- matrix(runif(10^2), ncol=10) 
for (i1 in 1:4) { 
    ifile <- paste0(i1,'_heatmap.pdf') 
    pdf(ifile) 
    heatmap(m) 
    d <- dev.off() 
} 
system('montage -geometry 100% -tile 2x2 ./*_heatmap.pdf outfile.pdf') 

Answer 4

下面是使用最近推出的gridGraphics包一個選項，

library(gridGraphics) 
library(grid) 
heatmap(as.matrix(mtcars)) 

library(gridGraphics) 
grab_grob <- function(){ 
    grid.echo() 
    grid.grab() 
} 

g <- grab_grob() 
grid.newpage() 

# library(gridExtra) 
# grid.arrange(g,g, ncol=2, clip=TRUE) 

lay <- grid.layout(nrow = 1, ncol=2) 
pushViewport(viewport(layout = lay)) 
grid.draw(editGrob(g, vp=viewport(layout.pos.row = 1, 
            layout.pos.col = 1, clip=TRUE))) 
grid.draw(editGrob(g, vp=viewport(layout.pos.row = 1, 
            layout.pos.col = 2, clip=TRUE))) 
upViewport(1)