如何在linux中使用管道？

Question

我有一個軟件在Linux工作，像test_sf

test_sf --input test.fastq --output test.results 

它會輸出一個名爲檢驗。結果

，但我有test1.fastq.gz，test2的文件。 fastq.gz，怎麼可以用這兩個文件代替解壓呢？

zcat test1.fastq.gz | test_st --input --output test1.results 
zcat test1.fastq.gz | test_st --input --output test1.results 

這兩個命令不起作用。

注意：這只是一個玩具命令來顯示我的問題。

Answer 1

你有這樣的命令：

test_sf --input test.fastq --output test.results 

您將理想運行它，但你不能因爲你的程序不支持壓縮輸入：

test_sf --input test.fastq.gz --output test.results # probably fails 

所以你需要使用zcat將文件解壓縮，然後將其插入。有些程序將-理解爲標準輸入法的神奇文件名，在這種情況下，您可以執行此操作：

zcat test.fastq | test_sf --input - --output test.results # might work 

如果你的程序還沒有明白-特殊，您可以在Bash的使用：這樣做是有一個命令行實際上像這樣調用程序

test_sf --input <(zcat test.fastq.gz) --output test.results # should work 

：

test_sf --input /dev/XXX --output test.results 

其中XXX是一些特殊的文件名，它實際上是zcat將寫入的管道。這樣，只要你的程序支持從文件串行讀取（不需要隨機訪問輸入），它幾乎肯定會起作用。這最後一種技術在這裏進一步描述：https://unix.stackexchange.com/questions/101143/how-can-i-stream-data-to-a-program-that-expects-to-read-data-from-a-file-that-is