2015-10-06 155 views
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我使用以下shell腳本在集羣上運行模擬。變量未在shell腳本中識別

#PBS -N 0.05_0.05_m_1_200k 
    #PBS -l nodes=1:ppn=1,pmem=1000mb 
    #PBS -S /bin/bash 
    #$ -m n 
    #$ -j oe 


    FOLDER= 0.57 

    WDIR=/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER 

    cd /home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER 

    LAMBDA= 0.05 

/home/durba/gmx455/bin/mdrun -np 1 -deffnm md0.05 -v 

############################ 

現在我的問題是,我的腳本不能識別變量文件夾,並拋出一個錯誤

 couldn't find md0.05.tpr 

其存在的文件夾中。如果我在$文件夾的位置寫入0.57,它工作正常,這讓我覺得它不能識別變量FOLDER。 LAMBDA在這兩種情況下都是完美的認可。如果有人能幫助我,我會很感激。

回答

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有不應該是=,你要分配給該變量的值之間的空間:

FOLDER="0.57" 

WDIR="/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER" 

cd "/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER" 

LAMBDA="0.05" 

/home/durba/gmx455/bin/mdrun -np 1 -deffnm md0.05 -v 

############################ 

所有雙引號""我加入不是絕對必要的這個例子,但它是好的做法來使用它們。

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它的工作表示感謝。 –