網絡可視化問題

Question

我有一個相當large dataset與兩列from,to。我試圖製作一個簡單的網絡圖來顯示這兩列中各個元素之間的關係，所以我嘗試了下面這個簡單的例子。

Source <- c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "C", "C", "D") 
Target <- c("B", "C", "D", "J", "E", "F", "G", "H", "I") 
NetworkData <- data.frame(Source, Target) 

library(networkD3) 
simpleNetwork(NetworkData,linkColour="yellow") 

上面的例子和我的數據集之間的唯一區別是，我有在my dataset1500行/觀測。然而simpleNetwork函數正在生成一個巨大的向日葵類型的各種關聯可視化，這不是很愉快。

[網絡圖形輸出] [2]

我的問題是1）是否有更好的方式來可視化這些數據2）我怎麼能至少從源節點色的目標節點不同？

任何意見或建議，非常感謝。提前致謝。

Answer 1

要回答一般問題，問題的第一部分，根據您試圖說明的內容，不同的可視化可能是有意義的。嘗試獲取網絡的一些基本描述：邊緣計數，密度，平均值。路徑距離，你已經知道你在看什麼樣的關係數據。正如LukeA指出的那樣，圖形可視化的洞察力非常依賴於手頭網絡數據的結構！

可視化並不一定是毫無意義的，但我會承認使用它們來證明一個教學點，而不是從實際得出任何分析結果，你應該首先考慮你想要在grpah中想象的東西。

當你決定你會得到所需要的洞察力，着色節點確實是一個關鍵的可視化工具： 至於問題的第二部分，在networkD3你應該使用NodeGroup參數顏色節點。在igraph中，當使用gplot()進行繪圖時，您將矢量指定爲V(graph)$color，並在sna-package中指定參數vertex.col。

這裏是按距離從A中的igraph有色您的示例圖：

Source <- c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "C", "C", "D") 
Target <- c("B", "C", "D", "J", "E", "F", "G", "H", "I") 
NetworkData <- data.frame(Source, Target) 

# Visualize using igraph 
library(igraph) 
g <- graph_from_edgelist(as.matrix(NetworkData), directed = TRUE) 

# Colour by distance from first node: 
heatmap <- colorRampPalette(c("red", "yellow"))(100) 
distance.from.first.node <- distances(g, V(g)[1]) 
V(g)$color <- heatmap[1+round(distance.from.first.node/(max(distance.from.first.node)/(length(heatmap)-1)))] 

# Plot 
plot.igraph(g) 

我想不出任何點進行了密謀您所提供的數據，但如果你需要的話，那就是：

# Get the data you downloaded vvv(MAKE YOUR OWN PATH HERE)vvv 
data <- read.csv(file="Downloads/Network.txt", sep="|") 
# Remove your missing data 
data <- data[data[,1]!="",] 
data <- data[data[,2]!="",] 
g2 <- graph_from_edgelist(as.matrix(data), directed = TRUE) 

# Re-colour and plot: 
distance.from.first.node <- distances(g2, V(g2)[1]) 
V(g2)$color <- heatmap[1+round(distance.from.first.node/(max(distance.from.first.node)/(length(heatmap)-1)))] 

# Plot with smaller vertexes and no labels 
plot.igraph(g2, vertex.size=4, vertex.label=NA)