在一個shell腳本中，你如何結合`Rscript`和`Unix`命令？

Question

我目前正在嘗試將R文件作爲Rscript文件運行。我有一個script.sh文件中下面的代碼：

#!/bin/bash 
cd documents 
module load r 

#!/usr/bin/env Rscript 
mem2 <- 4+5 
packageVersion("data.table") 
save.image("OUT.RData") 

然而，似乎在運行此使用qsub script.sh後，它有錯誤的話幾個命令是如何不承認回來。我做錯了嗎？謝謝！

Answer 1

我想你正在尋找一個「在這裏文件」在殼。這允許文本傳遞給另一個解釋器。例如：

#!/bin/bash 
cd documents 
module load r 

/usr/bin/env Rscript -<<EOF 
mem2 <- 4+5 
packageVersion("data.table") 
save.image("OUT.RData") 
EOF 

這裏，Rscript被（從/usr/bin/env）和在標準輸入的被叫，所有的後續行的傳遞，直到標記（這裏，EOF）被看見。