我新的R和在一些代碼，輸出散點圖矩陣工作。該數據幀是在以下格式：散點圖矩陣使用對（）中的R
A B C D
2 3 0 5
8 9 5 4
0 0 5 3
7 0 0 0
我的數據集可以碰上行100-1000s和列10-100s，具有值的大規模（因此日誌變換我的數據）。
的碼，該位使我在提高基本情節一些部分成功（見嵌入圖像）：
panel.cor <- function(x, y, digits = 2, prefix = "", cex.cor, ...)
{
usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
par(usr = c(0, 1, 0, 1), xlog = FALSE, ylog = FALSE)
r <- abs(cor(x, y))
txt <- format(c(r, 0.123456789), digits = digits)[1]
txt <- paste(prefix, txt)
if(missing(cex.cor)) cex.cor <- 0.8/strwidth(txt)
text(0.5, 0.5, txt, cex = cex.cor * r)
}
# Add regression line to plots.
my_line <- function(x,y,...){
points(x,y,...)
LR <- lm(log(x) ~ log(y), data = SP)
abline(LR, col = "red", untf = TRUE)
}
# Plot scatter plot matrices.
pairs(mydataframe, pch = 20, main = "test",
cex = 0.125, cex.labels = 1,
xlim = c(100, 1e9),
ylim = c(100, 1e9),
upper.panel = panel.cor,
lower.panel = my_line,
log = "xy")'
問題1 - 而不是在上面板越來越R^2個值，我得到了新生代。我該如何解決這個問題？
問題2 - 我想刪除與相關性成比例地調整R^2值的文本大小的函數。我知道它在panel.cor中，但不知道哪個部分需要移除或調整。
提前感謝
編輯：2016年8月6日
我發現周圍的工作也簡化了代碼：
panel.cor <- function(x, y, digits = 2, cex.cor, ...)
{
usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
par(usr = c(0, 1, 0, 1))
# correlation coefficient
r <- cor(x, y)
txt <- format(c(r, 0.123456789), digits = digits)[1]
txt <- paste("r= ", txt, sep = "")
text(0.5, 0.6, txt)
}
# add regression line to plots.
my_line <- function(x,y,...)
{
points(x,y,...)
LR <- lm(x ~ y, data = SP)
abline(LR, col = "red", untf = TRUE)
}
# Plot scatterplot matrices.
pairs(SP, pch = 20, main = "test",
cex = 0.125, cex.labels = 1,
upper.panel = panel.cor,
lower.panel = my_line)
問題似乎是缺少值，即0。我最初將它們更改爲NA，這樣我就可以使用日誌比例。這與對數變換的組合導致上面板中缺失R^2值。
理想情況下，我想有一個數刻度。有沒有一種方法可以做到這一點，而不會引入上述問題？
澄清 - 我想在散點圖一個日誌（XY）規模（下圖）和x軸的直方圖（對角線面板）。我今天一直在玩，但不能完全按照我的意願去玩。也許我從對中問得太多。任何幫助，將不勝感激。
編輯：2016年10月6日
成功....還有約99％的快樂。
我做了更改 - 添加了對角線面板的直方圖和上面的面板的p值（「對（）」中的基本代碼，用於添加由於x軸上使用的對數刻度而需要調整的直方圖）。如果他們不準確或不正確，請隨時糾正我的描述：
library(lattice)
DF <- read.csv("File location", header = TRUE)
DF.1 <- DF+1 # Added small epsilon to data frame otherwise plot errors arise due to missing values.
# Function to calculate R^2 & p-value for upper panels in pairs() - scatterplot matrices.
panel.cor <- function(x, y, digits = 3, cex.cor, ...)
{
usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
par(usr = c(0, 1, 0, 1), xlog = FALSE, ylog = FALSE) # xlog/ylog: ensures that R^2 and p-values display in upper panel.
# Calculate correlation coefficient and add to diagonal plot.
r <- cor(x, y)
txt <- format(c(r, 0.123456789), digits = digits)[1]
txt <- paste("r= ", txt, sep = "")
text(0.5, 0.7, txt, cex = 1.25) # First 2 arguments determine postion of R^2-value in upper panel cells.
# Calculate P-value and add to diagonal plot.
p <- cor.test(x, y)$p.value
txt2 <- format(c(p, 0.123456789), digits = digits)[1]
txt2 <- paste("p= ", txt2, sep = "")
if(p<0.01) txt2 <- paste("p= ", "<0.01", sep = "")
text(0.5, 0.3, txt2, cex = 1.25) # First 2 arguments determine postion of p-value in upper panel cells.
}
# Function to calculate frequency distribution and plot histogram in diagonal plot.
panel.hist <- function(x, ...)
{
usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
par(usr = c(0.5, 1.5, 0, 1.75), xlog = TRUE, ylog = FALSE) # xlog argument allows log x-axis when called in pairs.
h <- hist(log(x), plot = FALSE, breaks = 20)
breaks <- h$breaks; nB <- length(breaks)
y <- h$counts; y <- y/max(y)
rect(breaks[-nB], 0, breaks[-1], y, col = "cyan")
}
# add regression line to plots.
my_line <- function(x,y, ...)
{
points(x,y,...)
LR <- lm(log(x) ~ log(y), data = DF.1)
abline(LR, col = "red", untf = TRUE)
}
# Plot scatterplot matrices.
pairs(DF.1, pch = 20, main = "Chart Title",
cex = 0.75, cex.labels = 1.5, label.pos = 0.0001,
upper.panel = panel.cor,
lower.panel = my_line,
diag.panel = panel.hist,
log = ("xy"),
xlim = c(5, 1e9),
ylim = c(5, 1e9))
在美中不足：
1 - 對角線面板中的文本標籤只是部分出現。我在「pairs（）」中使用了一個遞減的值作爲label.pos參數，它將標籤向下移動直到它們出現。但是，無論我減少多少價值，他們都不會再行動了。我試圖強制直方圖功能的位置，但這是行不通的。我希望有人能看到我錯過的東西。在此先感謝......我已經沒有任何反應，但:(
PS：我想第3圖像與我的成功情節聯繫起來，但我在這裏缺乏信譽的挫敗......呻吟。
編輯：13/06/2016
解決！我感覺有點愚蠢。在對角線面板中定位主標題的方法非常簡單，我花了很長時間嘗試更復雜的方法來完成此操作。成對的「label.pos」參數應該是負數！我使用了一個小的值-0.0675，它將它放置在包含直方圖的單元格的頂部附近。
我希望別人認爲這很有用。我會標記爲已解決，但我會很感激任何關於我的代碼評論的評論，或者如果有人看到讓代碼更有效的方法。謝謝亞歷克斯
愚蠢的問題如何設置我的問題解決？ –