2016-05-12 681 views
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我在上使用R 3.3.0在Ubuntu 14.04上,並已成功安裝包AffyReadAffy()花費太長

但是,當我設置CEL文件所在的目錄(使用setwd())並給出命令cel1 <- ReadAffy()時,沒有輸出。我甚至沒有去>的下一行。它根本不顯示任何輸出。

此外,Ctrl+CEsc也不會停止該過程。通常Esc適用於在我的系統上停止進程。屏幕截圖如下:Screenshot of the problem

此外,當我嘗試退出會話時,響應時間太長。什麼導致這個問題,我該如何解決它?

編輯: 我只有3 CEL文件在文件夾中。

編輯#2: 我也將它應用於單個文件,但又花費了太多的時間。系統監視器屏幕截圖: enter image description here 它需要大量的CPU和大量內存(以GB爲單位)。是什麼導致了這個問題?我正在使用一個簡單的命令ReadAffy(filenames = "N54.CEL")。爲什麼會導致這個問題?任何建議都是有幫助的。有點絕望在這裏。

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強制退出RStudio?另外,您可能需要在幾個文件上計時,然後對整個文件讀取所花費的時間進行估計。 – Gopala

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文件夾中只有3個CEL文件。它也不適用於單個文件。 (使用'filenames =')。此外,退出會話需要很長時間。我認爲這是你強迫戒菸的意思? –

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是的,我意識到重新加載所有內容需要時間。我處理非常大的基因表達數據,並遇到挑戰 - 主要是當系統耗盡內存,或者當我執行一些計算密集型的東西時,先不嘗試在小集合上進行測試。不確定其他人可以在這一點上給你建議。遠程調試很難。 – Gopala

回答

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原來文件本身存在一些問題。我從不同的來源獲得該文件,並且它工作正常。