矩陣中的R - phytools下標越界

Question

我想建立一個矩陣表示與簡約R.我發現this phylogenetic package和我決定試一試，雖然我在R.

一個新手可以找到樹的子集here

當我使用示例時，我能夠完美地生成測試樹。然而，當我用我的文件，我得到這個錯誤：

Error in XX[rownames(X[[i]]), c(j:((j - 1) + ncol(X[[i]])))] <- X[[i]] 
    [1:nrow(X[[i]]), : subscript out of bounds 

，我是成像不能正常工作像它應該是species另一件事。因爲如果我印刷物種，我會得到一個空的「」和兩個NA。

(...) 
if(i==1) species<-phy[[i]]$tip.label 

編輯
我試着與他人newick文件，並且具有相同和不同的錯誤。雖然功能說：

This function reads a file which contains one or several trees in 
parenthetic format known as the Newick or New Hampshire format. 

它似乎無法讀取這些文件。任何想法？

是否有人願意幫助理解我該怎麼做才能避免此錯誤？

謝謝！

Answer 1

我是如何解決問題的？

我試過不同的newick文件，他們都給我一個錯誤。

由於它與作者提供的例子一起工作，在一個建議之後，我決定將這些測試樹寫入一個文件中，發現在去除文件距離後樹沒有任何距離，由Liam提供的代碼工作！