使用rPython進口numply與Python 3.5

Question

我的[R版本3.4.1是，Python版本3.5.2是，和操作系統是Ubuntu的16.04.2

我已經設置RPYTHON_PYTHON_VERSION = 3.5安裝rPython，當這是我的默認Python版本的rPython。

♥ python.exec('import sys') 
♥ python.exec('print(sys.version)') 
3.5.2 (default, Nov 17 2016, 17:05:23) 
[GCC 5.4.0 20160609] 

當我通過rPython導入numpy的（有使用Python 3.5使用進口numpy的沒有問題，一切正常），我得到這個：

♥ python.exec('import numpy') 
Error in python.exec("import numpy") : 
Importing the multiarray numpy extension module failed. Most 
likely you are trying to import a failed build of numpy. 
If you're working with a numpy git repo, try `git clean -xdf` (removes all 
files not under version control). Otherwise reinstall numpy. 

Original error was: /usr/local/lib/python3.5/dist-packages/numpy/core/multiarray.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: PyType_GenericNew 

但是，如果我設置RPYTHON_PYTHON_VERSION = 2並重新安裝rPython，導入numpy的作品。我怎樣才能成功導入numpy下的python 3.5 rPython？

Answer 1

首先，你可以從R/rPython導入任何軟件包到Python 3.5.3嗎？

我也有這個問題。我得到的錯誤與海報完全一樣（numpy不會加載）。後來我發現我無法導入任何包。然而，我可以在python 2.7.13和python 3.5.3中導入包（只是不通過R/rPython）。這使我相信這是一個'rPython'R軟件包錯誤。這裏有我試圖做的事情來解決這個問題：

1）我已經嘗試安裝/重新安裝R包rPython使用python 2.7.13或python 3.5.3。我可以連接R過的rPython包的重新安裝到Python 2.7.13：

install.packages("rPython",lib= "home/myusername/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4", configure.vars= "RPYTHON_PYTHON_VERSION=2") 

使用 「RPYTHON_PYTHON_VERSION = 3」 在安裝過程中同樣使我於R與Python 3.5.3連接。當rPython連接到python 2.7.13時，我可以從R中調用「import numpy」，但是當連接到3.5.3時不會。

2）我已經查明瞭以前安裝和卸載它們的所有numpy和scipy。我有python 2.7.13和python 3.5.3的每個副本。使用pip和pip3重新安裝不能解決問題（我事先重新啓動R以確保安全）。

從這兩個帳戶，這似乎是R包'rPython'的問題。你可以嘗試R更新的'reticulate'包裝，看看它是否適合你。但是，當使用網狀連接R與Python時，我無法獲得並行線程來工作，這很不幸，我需要做的。然而，使用'rPython'時，線程確實工作得很好，但我需要的包需要python 3+。如果我能解決這個問題，我會繼續排除故障並更新這篇文章。同時，給予'網狀'一槍，這是一個非常整齊的包。

編輯 我能夠使用'reticulate'包在R中從python 3.5.3加載numpy。

EDIT2對於那些誰發現這個職位在未來，唯一的解決辦法我能找到使用python3代碼與來自R多線程是調用與系統Python文件（python3「path_to_python_script」 ARG1參數3）