for循環中堆疊的文件名

我是shell腳本的新手，所以這可能是一個愚蠢的問題。雖然我沒有在網上找到答案。我正在採取同事腳本並對其進行更改以使其適用於我的數據。現在我正在運行一個只使用三個數據文件的測試。代碼在腳本中經過一個for循環，並且它應該爲每個不同的文件運行一次（三次）。for循環中堆疊的文件名

listtumor=`cat /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/MatchedTumorTest.txt` 
for i in $listtumor 
do 
lst=`ls /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/freshstart/${i}*.txt | awk -F'/' '{print $9}'`

MatchedTumorTest.txt只是包含了我使用的測試沒有「.TXT」至於我可以告訴三種不同的文件名，這個代碼應該只是通過腳本運行三次，每個文件。相反，我得到這個錯誤：

ls: /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/freshstart/TCGA-04-1514-01A-01D-0500-02_S01_CGH_105_Dec08\rTCGA-04-1530-01A-02D-0500-02_S01_CGH_105_Dec08\rTCGA-04-1542-01A-01D-0500-02_S01_CGH_105_Dec08*.txt: No such file or directory

出於某種原因，所有的文件名都堆放在彼此的頂部，而不是循環將每個單獨的一個。任何想法爲什麼發生這種情況？

謝謝， T.J.

來源

2011-06-08 T.J.

它看起來像您的文本文件中的行可能由回車而不是換行符分隔。由於沒有在您的示例文件名中有空格，則for循環應該，如果你初始化listtumor喜歡這個工作得很好：

listtumor=`tr '\r' '\n' < /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/MatchedTumorTest.txt`

的tr命令將翻譯回車到換行，這是大多數文本處理器（如shell自己的命令）將會期待），並將結果寫入標準輸出。

來源

2011-06-08 21:03:16

這也適用！我被要求不要使用while循環，所以我用它來代替。謝謝！ – 2011-06-10 03:49:22

對於某些類型的分隔符，for循環不太適合。試試這個：

while read line; do 
    lst=`ls /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/freshstart/${line}*.txt | awk -F'/' '{print $9}'` 
    ... 
done < /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/MatchedTumorTest.txt

我在這裏假設你將MatchedTumorTest.txt與新行分開。

來源

2011-06-08 16:54:11

@克里斯它似乎有擺脫了原來的錯誤，但現在我得到了不同的錯誤。 – 2011-06-08 17:13:37

qc-column-level-tumorTEST.sh：第104行：語法錯誤：文件意外結束 – 2011-06-08 17:14:16

我不知道這是否與所做的更改有關;我會一直陪着它。 – 2011-06-08 17:14:54

如此地結合一起：

dir="/Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun" 
file="$dir/MatchedTumorTest.txt" 

< "$file" tr '\r' '\n' | while read tumor 
do 
    ls "$dir/freshstart" | grep "$tumor.*\.txt$" 
done

將打印在$ DIR/freshstart所有的.txt文件名含有什麼名字形成文件MatchedTumorTest.txt

來源

2011-06-08 22:52:43 jm666

for循環中堆疊的文件名

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