在ubuntu下運行R在php下

Question

我有一個R腳本運行得很好，當我從命令行運行它並將映像保存到文件系統時。但是，當我運行它從PHP腳本使用以下命令：

exec("cat my_rscript.R | /usr/bin/R --vanilla"); 

它不運行。請注意，當我在命令行中運行它時，我正在使用完全相同的調用。我很確定我在正確的目錄中（php文件和R腳本位於相同的目錄中）。可能是因爲我無法從php運行R腳本？我認爲這與我運行R-64位和php的事實只有32位有關，但我不確定這是否是問題所在。

Answer 1

我建議以下步驟來調試，這一切通過命令外殼，從PHP：

1. 獲取的which R輸出（確保它的路徑）（例如which R > where_is_r.txt
2. 獲取shell開始執行的位置，即R被調用的路徑（應該是「where_is_r.txt」文件的位置）
3. 創建一個簡單的helloworld.r（例如寫入正態分佈隨機值到文本文件），並執行Rscript --vanilla /path/to/helloworld.r
4. 替換helloworld.r與你的腳本，並執行Rscript --vanilla /path/to/my_script.R

如果這些不露哪裏出了問題，你可能需要保存錯誤輸出（STDERR）和輸出（stdout）。這可以在R內完成，但最好通過bash來完成。有關如何執行此重定向的指南，請參閱this page。

此外，通常最好使用完全指定的路徑，而不是依賴於在特定目錄中調用的shell。完整的規範可以是絕對路徑或相對路徑，但相對路徑和符號鏈接比絕對路徑更難調試。