2011-06-17 42 views
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我有兩個製表符分隔的文件。兩個文件中的數據比較

文件1(10行和說4列,這些列可能不會在每行中填充的):

Chra stra stpa NM1 NM2 NR1 
Chrb strb stpb NR2 NM1 

文件2(25行和3列):

Tg NM1 12 
Tg NM3 3 
Tg NR1 76 

現在我想做的是將文件1的每行中的NM和NR標識符與file2 NR標識符匹配中的任何位置中的文件2i f進行比較。應該從文件2.

文件3中提取NR/NM標識的相應值可能看起來像這樣(說了NM1):

chra stra stpa NM1 12 
chra stra stpa NR1 76 

的shell腳本有什麼建議?

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這可能重複 - 在http://stackoverflow.com/questions/6385609/unix-shell-replace-by-dictionary – ajreal

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這個file1的列數在每一行中都不固定... – Angelo

回答

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而不是shell腳本,我會用Perl腳本來做這種事情。你可以使用split()函數爲每一行獲得一個包含所有「字段」的數組,並且從那裏開始下坡。沒有必要想出一個奇特的正則表達式。 Here的 做這種事情的例子:

2
$ join -1 4 -2 2 \ 
<(for i in 4 5 6 7; do join -e _ -j $i f1 f1 -o 1.1,1.2,1.3,0; done | 
    sed '/_$/d' | sort -k4,4) \ 
<(sort -k2,2 f2) \ 
-o 1.1,1.2,1.3,0,2.3 

Chra stra stpa NM1 12 
Chrb strb stpb NM1 12 
Chra stra stpa NR1 76 
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awk ' 
    NR == FNR {tag[$2] = $3; next} 
    { 
     # determine if this line has a "NR" tag from file2 
     have_nr = 0 
     for (i=4; i<=NF; i++) { 
      if ($i ~ /^NR/ && $i in tag) { 
       have_nr = 1 
       break 
      } 
     } 

     # if it does have a matching NR tag, then 
     # print the tag value for every matching NR/NM tag 
     if (have_nr) { 
      for (i=4; i<=NF; i++) { 
       if ($i in tag) { 
        print $1, $2, $3, $i, tag[$i] 
       } 
      } 
     } 
    } 

' file2 file1