加速matlab文件導入

Question

我正在試圖加載一個matlab文件和R.matlab包。問題是，它會持續下去（如table <- readMat("~/desktop/hg18_with_miR_20080407.mat")我從Broad研究院基因組文件（hg18_with_miR_20080407.mat）

你可以找到它：。

http://genepattern.broadinstitute.org/ftp/distribution/genepattern/dev_archive/GISTIC/broad.mit.edu:cancer.software.genepattern.module.analysis/00125/1.1/

我想知道：有沒有人嘗試過這個套餐並且有類似的問題？

Answer 1

（希望有幫助，但不是真的答案，雖然格式太多，不能評論）

我想你可能需要得到一個朋友與matlab訪問將文件保存到一個更合理的格式或使用python進行數據處理。它對我來說也是「掛起」的（OS X 10.9，R 3.1.1）。在蟒蛇以下工作：

import scipy.io 
mat = scipy.io.loadmat("hg18_with_miR_20080407.mat") 

（你可以看到，並與rg和cyto' crufty numpy arrays, but they can't be converted to JSON with json.dumps and even jsonpickle.encode coughs up a lung-full of errors (i.e. you won't be able to use rPython`以訪問，原來是一個解決方法我一直在尋找對象的工作） ，所以沒有序列化到一個文件（並且，我不得不相信由此產生的JSON會很難處理）。

你的選擇是：

• 讓朋友將其轉換（如建議以前）
• 在Python
• 利用MATLAB