本地安裝R-devel的Gfortran錯誤

Question

我一直在網上圈了幾個小時，所以我已經放棄了，需要問問專家。

我想在Ubuntu服務器的本地文件夾中安裝R的較新版本。我需要一個特定的軟件包（Phangorn），但R的系統範圍副本太舊了，我無法升級它，因爲它會打破太多其他人的依賴關係（而且我不是管理員）。

因此，我下載了R-devel的最新版本，並遵循了這些出色的說明（http://pj.freefaculty.org/blog/?p=315）。我必須安裝我自己的zlib，liblzma（XZ）和pcre（現在位於~/packages）的副本。我似乎不需要做curl和bzip2。這引起了很多的問題，因爲它是，但大部分faffing後，我才得以成功編譯R.

然而，當我嘗試在它裏面安裝Phangorn，它給了我下面的錯誤：

/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran 
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran 
collect2: error: ld returned 1 exit status 
make: *** [igraph.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘igraph’ 
* removing ‘/home/wms_joe/bin/R-devel/library/igraph’ 
ERROR: dependency ‘igraph’ is not available for package ‘phangorn’ 
* removing ‘/home/wms_joe/bin/R-devel/library/phangorn’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpahSdck/downloaded_packages’ 
Updating HTML index of packages in '.Library' 
Making 'packages.html' ... done 
Warning messages: 
1: In install.packages("phangorn") : 
    installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status 
2: In install.packages("phangorn") : 
    installation of package ‘phangorn’ had non-zero exit status 

所以從我可以告訴Phangorn取決於依賴於gfortran的igraph，R無法找到它。

這看起來是因爲在這個線程詳述了同樣的問題： Building R package getting error "ld: cannot find -lgfortran "

但解決方案似乎都需要softlinking，因此需要須藤這完全違背了我做一個局部的點上安裝：/

這裏有什麼我的選擇？如果我爲我自己的目錄下載lgfortran（假設甚至解決了問題），我應該在哪裏鏈接它？

Answer 1

對於RHEL6而言，這些並不是「出色的指令」，而不是Ubuntu。所以你有一個阻抗不匹配。

在Ubuntu，你最快的賭注（如果您有SRC-DEP依賴）是

sudo apt-get build-dep r-base 

第二快的是看包的元數據源從Debian /控制讀取構建時刻依賴（但似乎沒有在線副本）。

至於phanghorn，你也可以嘗試下載其源，只是編輯離開了特別是R版的要求，看看會發生什麼 - 有時候這僅僅是用於，比方說，護身符的變化並不會影響你的可用性。

最後，您的構建失敗，因爲無法構建igraph，因爲gfortran組件丟失。如果可以的話，安裝對應於您的編譯器版本的libgfortran-*-dev包 - 並安裝r-base-dev應該保證它。

最後但並非最不重要的是，考慮像Docker一樣運行已安裝程序的本地變體。