生成一些 - 但不是全部時，Python 3.4崩潰 - 具有段錯誤的Cartopy映射11

Question

我已經在運行El Capitan 10.11.6和Python 3.4的Mac上安裝了Python映射工具Cartopy。我可以使用Cartopy成功繪製一些地圖，但在某些情況下，Python內核會因分割錯誤11而死亡。

我想要一個安裝程序，可以在需要時輕鬆從我的計算機中刪除。因此，我安裝了Python 3.4和使用fink必要的依賴關係：

$ fink install python34 
$ fink install gdal2 
$ fink install gdal2-dev 
$ fink install proj 
$ fink install libproj9 

我然後使用pyvenv創建的虛擬環境（但也試過的virtualenv和VENV）和活化它。

在激活的虛擬環境中，我使用PIP安裝：

$ pip install cython  # Successfully installed cython-0.25.2 
$ pip install numpy   # Successfully installed numpy-1.12.1 
$ pip install shapely  # Successfully installed shapely-1.5.17.post1 
$ pip install pyshp   # Successfully installed pyshp-1.2.10 
$ pip install pandas  # Successfully installed pandas-0.19.2 python-dateutil-2.6.0 pytz-2017.2 six-1.10.0 
$ pip install matplotlib # Successfully installed cycler-0.10.0 matplotlib-2.0.0 pyparsing-2.2.0 
$ pip install pillow  # Successfully installed olefile-0.44 pillow-4.1.0 
$ pip install pyepsg  # Successfully installed pyepsg-0.3.1 
$ pip install scipy   # Successfully installed scipy-0.19.0 
$ pip install OWSLib  # Successfully installed OWSLib-0.14.0 pyproj-1.9.5.1 requests-2.13.0 
$ pip install mock   # Successfully installed mock-2.0.0 pbr-3.0.0 
$ pip install nose   # Successfully installed nose-1.3.7 
$ pip install pep8   # Successfully installed pep8-1.7.0 
$ pip install jupyter  # Successfully installed MarkupSafe-1.0 appnope-0.1.0 backports-abc-0.5 bleach-2.0.0 decorator-4.0.11 entrypoints-0.2.2 html5lib-0.999999999 ipykernel-4.6.1 ipython-6.0.0 ipython-genutils-0.2.0 ipywidgets-6.0.0 jedi-0.10.2 jinja2-2.9.6 jsonschema-2.6.0 jupyter-1.0.0 jupyter-client-5.0.1 jupyter-console-5.1.0 jupyter-core-4.3.0 mistune-0.7.4 nbconvert-5.1.1 nbformat-4.3.0 notebook-5.0.0 pandocfilters-1.4.1 pexpect-4.2.1 pickleshare-0.7.4 prompt-toolkit-1.0.14 ptyprocess-0.5.1 pygments-2.2.0 pyzmq-16.0.2 qtconsole-4.3.0 simplegeneric-0.8.1 terminado-0.6 testpath-0.3 tornado-4.5.1 traitlets-4.3.2 typing-3.6.1 wcwidth-0.1.7 webencodings-0.5.1 widgetsnbextension-2.0.0 

上面似乎滿足所有在列出的Cartopy扶養要求：http://scitools.org.uk/cartopy/docs/v0.15/installing.html

然後我裝Cartopy，確保建立針對

pip install --global-option=build_ext --global-option="-I/sw/opt/libgeos3.5.0/include" --global-option="-L/sw/opt/libgeos3.5.0/lib" cartopy 
          # Successfully installed cartopy-0.14.2 

我既可以在Jupyt運行Python：（如果這是正確的術語）用Fink安裝了GEOS庫呃筆記本或在終端，它允許我導入Cartopy沒有錯誤。我從Cartopy網站下載了一些示例代碼來測試安裝。

下面的例子非常完美：

import matplotlib 
matplotlib.use("TkAgg") 
cartopy.crs as ccrs 
import matplotlib.pyplot as plt 
ax = plt.axes(projection=ccrs.Mollweide()) 
ax.stock_img() 
plt.show() 

至於這樣做代碼：

import os 
import matplotlib 
matplotlib.use("TkAgg") 
import matplotlib.pyplot as plt 

from cartopy import config 
import cartopy.crs as ccrs 

fig = plt.figure(figsize=(8, 12)) 

# get the path of the file. It can be found in the repo data directory. 
fname = os.path.join(config["repo_data_dir"], 
        'raster', 'sample', 'Miriam.A2012270.2050.2km.jpg' 
        ) 
img_extent = (-120.67660000000001, -106.32104523100001, 13.2301484511245, 30.766899999999502) 
img = plt.imread(fname) 

ax = plt.axes(projection=ccrs.PlateCarree()) 
plt.title('Hurricane Miriam from the Aqua/MODIS satellite\n' 
      '2012 09/26/2012 20:50 UTC') 

# set a margin around the data 
ax.set_xmargin(0.05) 
ax.set_ymargin(0.10) 

# add the image. Because this image was a tif, the "origin" of the image is in the 
# upper left corner 
ax.imshow(img, origin='upper', extent=img_extent, transform=ccrs.PlateCarree()) 
ax.coastlines(resolution='50m', color='black', linewidth=1) 

# mark a known place to help us geo-locate ourselves 
ax.plot(-117.1625, 32.715, 'bo', markersize=7, transform=ccrs.Geodetic()) 
ax.text(-117, 33, 'San Diego', transform=ccrs.Geodetic()) 

plt.show() 

但這種代碼導致內核崩潰：

import matplotlib 
matplotlib.use("TkAgg") 
import matplotlib.pyplot as plt 
import cartopy 

ax = plt.axes(projection=cartopy.crs.PlateCarree()) 

ax.add_feature(cartopy.feature.LAND) 
ax.add_feature(cartopy.feature.OCEAN) 
ax.add_feature(cartopy.feature.COASTLINE) 
ax.add_feature(cartopy.feature.BORDERS, linestyle=':') 
ax.add_feature(cartopy.feature.LAKES, alpha=0.5) 
ax.add_feature(cartopy.feature.RIVERS) 

ax.set_extent([-20, 60, -40, 40]) 

plt.show() 

時輸入代碼在終點線逐行，所有的線路都沒有問題，直到最後兩個輸入。

在命令行產生唯一的錯誤信息是：

Segmentation fault: 11 

有沒有人遇到的一個原因，爲此問題的解決方案？

Answer 1

最後設法取得了一些進展，所以我會總結我的解決方案。它可能無法解決所有問題，但它確實解決了我最初遇到的問題。

我張貼的問題Cartopy GitHub的頁面（https://github.com/SciTools/cartopy/issues/879）在哪裏QuLogic提出瞭解決通過重新安裝勻稱的使用停止分段錯誤：

pip uninstall shapely; pip install --no-binary :all: shapely 

這確實停止了分段錯誤11，但在運行「的問題'代碼然後產生了一個錯誤，提示geos_c無法找到，即使它存在。確切的錯誤是：

OSError: Could not find lib geos_c or load any of its variants ['/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/Current/GEOS', '/opt/local/lib/libgeos_c.dylib']. 

看來，代碼堅持在預定的位置尋找這個庫，並拒絕看看那裏芬克已經安裝了，即使我已經加入到位置，我的庫中的位置。 bash_profile文件。解決方案是在指向fink安裝庫的預定義位置創建一個符號鏈接。希望這是有道理的。 （見傑西布朗寧OSError geos_c could not be found when Installing Shapely）。

所以這裏是我的整個解決方案的總結，以防萬一它幫助別人。任何改進建議都會受到歡迎。

1. 爲了記錄，我的設置是在iMac上運行的Mac OS 10.11.6（El Capitan）上的標準（非管理員）帳戶。不過，如果有必要，我也可以訪問管理員帳戶。

2. 安裝版本的Python 3.6使用在python.org

3. 作爲管理員提供的安裝程序，用Fink安裝gdal2，gdal2-dev的，libproj9，libgeos3.6.1。 （也用fink安裝python3.6，gdal-py36，freetype，freetype219，cairo，gsl，sqlite3和libspatialite7的一個版本，但不知道這些軟件包是否絕對有必要。）

4. Python 3.6安裝在/圖書館/框架/ Python.framework /版本/ 3.6 /斌/ python3.6。創建使用-m VENV虛擬環境（稱爲venv36）如下：

在命令行：

$ mkdir <name_of_directory_for_virtual_env> 
$ cd <name_of_directory_for_virtual_env> 
$ /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/python3.6 -m venv venv36 

在用戶帳戶，使用納米到可以編輯.bash_profile文件以包括路徑，其中安裝libgeos3.6.1芬克位置：

在命令行：

$ cd 
$ nano .bash_profile 

添加下列行來.bash_profile文件並保存（CTRL-O）：

GEOS_CONFIG="/sw/opt/libgeos3.6.1/bin/geos-config"; export GEOS_CONFIG 
GEOS_DIR="/sw/opt/libgeos3.6.1"; export GEOS_DIR 

激活所述虛擬環境和PIP安裝所需的軟件包。熊貓和jupyter包是可選的，但爲什麼你不想安裝它們？

在命令行：

$ cd <path_to_virtual_environment> 
$ source venv36/bin/activate 

(venv36) $ pip install cython 
(venv36) $ pip install numpy 
(venv36) $ pip install --no-binary :all: shapely 
(venv36) $ pip install pyshp 
(venv36) $ pip install pyproj 
(venv36) $ pip install six 
(venv36) $ pip install matplotlib 

(venv36) $ export CPLUS_INCLUDE_PATH=/sw/include/gdal2/ 
(venv36) $ export C_INCLUDE_PATH=/sw/include/gdal2/ 
(venv36) $ pip install gdal 
(venv36) $ pip install pillow 
(venv36) $ pip install pyepsg 
(venv36) $ pip install scipy 
(venv36) $ pip install OWSLib 
(venv36) $ pip install mock nose pep8 
(venv36) $ pip install pandas 
(venv36) $ pip install jupyter 

(venv36) $ pip install --global-option=build_ext --global-option="-I/sw/opt/libgeos3.6.1/include" --global-option="-L/sw/opt/libgeos3.6.1/lib" cartopy 

最後，添加一個符號鏈接在/ opt/local/lib目錄/（這是cartopy - 或一些其他軟件包 - 堅持尋找libgeos），它指向由fink安裝的libgeos庫（稱爲libgeos_c.1.dylib）。如果它尚不存在，可能需要創建/ opt/local/lib路徑（或它的位）。

然後，在命令行：

$ cd /opt/local/lib 
$ sudo ln -s /sw/opt/libgeos3.6.1/lib/libgeos_c.1.dylib libgeos_c.dylib 

就是這樣。在激活的虛擬環境中，打開jupyter-notebook。確保第一行包含如果你想在筆記本上繪製的地圖如下：

%matplotlib inline 

然後添加以下到下一個單元格：

import cartopy 
import matplotlib.pyplot as plt 

ax = plt.axes(projection=cartopy.crs.PlateCarree()) 

ax.add_feature(cartopy.feature.LAND) 
ax.add_feature(cartopy.feature.OCEAN) 
ax.add_feature(cartopy.feature.COASTLINE) 
ax.add_feature(cartopy.feature.BORDERS, linestyle=':') 
ax.add_feature(cartopy.feature.LAKES, alpha=0.5) 
ax.add_feature(cartopy.feature.RIVERS) 

ax.set_extent([-20, 60, -40, 40]) 

plt.show() 

當代碼運行時，它將會產生一個警告（Failed CDLL(/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/Current/GEOS)），但它應該有希望，仍然會產生如下圖：

所以，這是它。希望能幫助到你。任何意見或改進建議，將不勝感激。