用Unix命令行工具修改FASTA頭文件

Question

我再次被修改文本卡住了。我想改變大的文本文件，如這些：

>hg19_ct_UserTrack_3545_691 range=chr1:8121498-8121502 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
GATGG 
>hg19_ct_UserTrack_3545_690 range=chr1:8121587-8121591 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
GATAG 

到

>chr1:8121498-8121502 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
GATGG 
>chr1:8121587-8121591 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
GATAG 

我一直在使用sed '/^>/s/[^ ]* />/'從而消除第一部分（>hg19_ct_UserTrack_3545_690），但我真的停留在如何去除range=。我嘗試過//和grep的各種組合，但沒有快樂。

感謝

Answer 1

嘗試這一行：

sed 's/[^=>]*=//' file 

測試與你輸入：

kent$ echo ">hg19_ct_UserTrack_3545_691 range=chr1:8121498-8121502 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
GATGG 
>hg19_ct_UserTrack_3545_690 range=chr1:8121587-8121591 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
GATAG"|sed 's/[^=>]*=//' 
>chr1:8121498-8121502 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
GATGG 
>chr1:8121587-8121591 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
GATAG 

Answer 2

嘗試這些不同的shell命令的=）

隨着awk：

awk -F'range=' '/^>/{print ">" $2}' file 

或者與sed：

sed '/^>/s/.*range=(.*)/>\1/' file