操縱scale_fill_gradient2的圖例

我有來自統計測試（基因集豐富分析，但這不重要）的數據，所以我獲得了正態分佈和正態分佈的統計量的p值：操縱scale_fill_gradient2的圖例

該試驗在幾個類別運行：

set.seed(1) 
df <- data.frame(col = rep(1,7), 
       category = LETTERS[1:7], 
       stat.sign = sign(rnorm(7)), 
       p.value = runif(7, 0, 1), 
       stringsAsFactors = TRUE)

我想在geom_tileggplot使得我顏色代碼來呈現這些數據df$category通過df$p.value乘以它們df$stat.sign（即，的符號統計）

對於我第一次拿log10df$p.value的：

df$sig <- df$stat.sign*(-1*log10(df$p.value))

然後我order的df通過df$sig爲df$sig:

library(dplyr) 
df <- rbind(dplyr::filter(df, sig < 0)[order(dplyr::filter(df, sig < 0)$sig), ], 
      dplyr::filter(df, sig > 0)[order(dplyr::filter(df, sig > 0)$sig), ])

，然後將每個符號我ggplot它：

library(ggplot2) 
df$category <- factor(df$category, levels=df$category) 

ggplot(data = df, 
     aes(x = col, y = category)) + 
    geom_tile(aes(fill=sig)) + 
    scale_fill_gradient2(low='darkblue', mid='white', high='darkred') + 
    theme_minimal() + 
    xlab("") + ylab("") + labs(fill="-log10(P-Value)") + 
    theme(axis.text.y = element_text(size=12, face="bold"), 
     axis.text.x = element_blank())

這給了我：

有沒有一種方法來操縱legend使得df$sig值由它們的絕對值來表示，但一切保持不變？這樣我仍然可以獲得紅色和藍色色調並保持我想要的順序。

來源

2017-10-11 dan

如果您檢查ggplot的文檔，scale_fill_gradient2，像其他的連續尺度，接受其labels參數執行下列操作之一：

NULL對沒有標籤
waiver()對於計算爲transofrmation對象的默認標籤
給出標籤的字符向量（必須與breaks相同長度）
一個函數需要br eaks作爲輸入並返回標籤作爲輸出

由於您只想傳說值是絕對的，我假設你滿意的傳奇色彩條（-0.1默認的休息，以0.4與0.1的增量），所以你真正需要的是添加一個操縱標籤的函數。

I.e.而不是這樣的：

scale_fill_gradient2(low = 'darkblue', mid = 'white', high = 'darkred') +

使用此：

scale_fill_gradient2(low = 'darkblue', mid = 'white', high = 'darkred', 
        labels = abs) +

來源

2017-10-12 01:52:30

我不確定我是否明白你在找什麼。你的意思是說你不想在傳說中改變標籤？如果您想要更改由scale_fill_gradient2()給出的操作breaks和labels的標籤，則應執行此操作。

ggplot(data=df,aes(x=col,y=category)) + 
    geom_tile(aes(fill=sig)) + 
    scale_fill_gradient2(low='darkblue',mid='white',high='darkred', 
         breaks = order(unique(df$sig)), 
         labels = abs(order(unique(df$sig)))) + 
    theme_minimal()+xlab("")+ylab("")+labs(fill="-log10(P-Value)") + 
    theme(axis.text.y=element_text(size=12,face="bold"),axis.text.x=element_blank())

對於你在找什麼，也許你可以在裏面數字顯示文本顯示的值，嘗試堆疊stat_bin_2d()這樣的：

ggplot(data=df,aes(x=col,y=category)) + 
     geom_tile(aes(fill=sig)) + 
     scale_fill_gradient2(low='darkblue',mid='white',high='darkred', 
          breaks = order(unique(df$sig)), 
          labels = abs(order(unique(df$sig)))) + 
     theme_minimal()+xlab("")+ylab("")+labs(fill="-log10(P-Value)") + 
     stat_bin_2d(geom = 'text', aes(label = sig), colour = 'black', size = 16) + 
     theme(axis.text.y=element_text(size=12,face="bold"),axis.text.x=element_blank())

你可能想給size和colour參數一些嘗試。

來源

2017-10-11 23:10:47

操縱scale_fill_gradient2的圖例

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