ggplot：使用用戶棒顏色梯度值

我使用ggplot繪製列基因和以下的數據幀的logFC：我已經爲簡單起見省略了一些行ggplot：使用用戶棒顏色梯度值

gene  variable  logFC  logP 
CS, gltA 25:1 vs 5:1 -1.6443477 11.3492020 
ACO, acnA 25:1 vs 5:1 -1.4393181 8.1938808 
IDH3  25:1 vs 5:1 -1.6374355 5.0329107 
LSC1  25:1 vs 5:1 0.6577531 0.5235756 
CS, gltA 250:1 vs 5:1 -1.0587372 1.3417342 
ACO, acnA 250:1 vs 5:1 -0.4354191 7.1746206 
IDH3  250:1 vs 5:1 -0.9513132 5.6105933 
LSC1  250:1 vs 5:1 -0.3871476 3.9403641

這裏是我的代碼：

ggplot(tca_m, aes(gene,logFC)) 
last_plot()+geom_bar(aes(fill=tca_m$variable),width = 0.5, stat="identity",position = "dodge") 
last_plot()+ coord_flip()

這給我下面的情節：plot.jpg

現在我想改變基於使用顏色漸變條的顏色列logP的值，並針對變量列下的兩個不同變量採用不同的配色方案。這可能使用ggplot？謝謝！

來源

2016-11-15 shashwat vajpeyi

我們不能在ggplot中有aesthetic兩個不同的比例。但是我們可以使用scale_fill_distiller和facet_wrap建立一個很好的情節：

ggplot(tca_m, aes(gene,logFC)) + 
    geom_bar(aes(fill = logFC), stat="identity", position = "dodge", width = .5) + 
    coord_flip() + 
    scale_fill_distiller(palette = "RdBu") + 
    facet_wrap(~variable, ncol = 1)

使用logFC變量fill顯示向上/向下調節比logP更好，但是你可以使用你首選哪一方。

來源

2016-11-15 20:48:15 Nate

Thanks Nathan！我考慮使用facet_wrap，但只是想看看是否有方法將它們繪製在一起。此外，我正在使用logFC進行向上/向下調節，但只想在此圖上以logP（實際上是-logFDR）進行烘焙，以顯示重要程度。 –

你可以分配'顏色'，並允許寄宿生顯示不同的羣體，如果你想，並保持在一個地塊上 – Nate

ggplot：使用用戶棒顏色梯度值

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