從Linux shell腳本調用RSCRIPT

Question

任何人都可以建議我怎麼可能會得到這個工作....

我的R腳本，需要幾分鐘的時間運行，並寫幾百行的輸出。我想寫一個圍繞這個R腳本的shell腳本包裝器，它將在後臺啓動R腳本，將其輸出管道輸出到一個文件並開始跟隨該文件的底部。如果用戶然後輸入CTRL-C我想要殺死shell腳本和tail命令但不是R腳本。聽起來很簡單吧？

我已經在下面製作了一個簡化的例子，但我不明白爲什麼這不起作用。無論何時我殺死shell腳本，儘管R腳本在後臺運行，但它也被殺死。我嘗試過nohup，disown等沒有成功。

example.R

for(i in 1:1000){ 
    Sys.sleep(1) 
    print(i) 
} 

wrapper.sh

​​

提前感謝！

Answer 1

下，似乎我的Ubuntu機器上工作：發送前

#!/bin/bash 

setsid Rscript example.R > logfile.txt & 

tail -f logfile.txt 

---

下面是一些相關流程SIGINT到wrapper.sh：

5361 pts/10 00:00:00 bash 
6994 ?  00:00:02 update-notifier 
8519 pts/4 00:00:00 wrapper.sh 
8520 ?  00:00:00 R 
8521 pts/4 00:00:00 tail 

和Ctrl+C後，您可以看到R仍在運行，但wrapper.sh和tail已被殺害：

5361 pts/10 00:00:00 bash 
6994 ?  00:00:02 update-notifier 
8520 ?  00:00:00 R 

---

雖然與&附加您Rscript [...]命令將其發送到後臺，它仍然是相同的過程組的一部分，因此接收SIGINT爲好。

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我不知道，如果它是你的意圖，但因爲你在呼喚tail -f，如果不與Ctrl+c，你的shell運行wrapper.sh將繼續將R過程完成後還要掛中斷。如果你想避免這種情況，下面應該工作，

#!/bin/bash 

setsid Rscript example.R > logfile.txt & 

tail --pid="$!" -f logfile.txt 

其中"$!"是最後執行的後臺進程的進程ID（在Rscript [...]調用）。