合併R中不同行的多個文件

我知道這個問題以前已經被問到過了，但是以前的帖子的答案似乎無法解決我的問題。合併R中不同行的多個文件

我有幾十個製表符分隔的.txt文件。每個文件都有兩列（「pos」，「score」）。我想將所有「分數」列編譯成一個具有多列的文件。每個文件中的行數有所不同，它們與編譯無關。

如果有人能指導我如何做到這一點，最好在R，這將是很多有用的。

或者，我的最終目標是從每個文件中讀取「分數」列的中位數和平均值。因此，如果這可以完成，無論是否編譯文件，這將是更有幫助。

謝謝。

UPDATE：

作爲吸引力，因爲個人代碼忍者的想法是，我明白這將不得不仍然是一個幻想。抱歉不明確。

我已經lapply嘗試和減少，例如，

> files <- dir(pattern="X.*\\.txt$") 
> File_list <- lapply(filesToProcess,function(score) 
+ read.table(score,header=TRUE,row.names=1)) 
> File_list <- lapply(files,function(z) z[c("pos","score")]) 
> out_file <- Reduce(function(x,y) {merge(x,y,by=c("pos"))},File_list)

我知道沒有什麼意義，考慮到我有可變的行號。我也試過plyr

> files <- list.files() 
> out_list <- llply(files,read.table)

以及cbind和rbind。通常我會收到錯誤消息，因爲行號不匹配，或者我只是將所有「分數」數據編譯到一列中。

對類似帖子的建議（例如，Merging multiple csv files in R，Simultaneously merge multiple data.frames in a list和Merge multiple files in a list with different number of rows）沒有幫助。

我希望這可以解決問題。

來源

2013-05-02 stephanhart

斯蒂芬 - 你能不能請告訴我們你之前曾經嘗試過什麼，什麼不起作用？您的問題可以很容易地在R中解決，但正如所述，它非常含糊。 SO用戶不是您爲您編寫代碼的個人代碼忍者。 – 2013-05-02 18:23:46

？合併。如何設置所有= FALSE（默認）不做你想要的？ – 2013-05-02 19:03:40

@Jake要合併這些文件，我必須逐一列出它們，這正是我試圖避免的。 – stephanhart 2013-05-02 19:13:02

我想你想不服這樣的：

all_data = do.call(rbind, lapply(files, 
           function(f) { 
            cbind(read.csv(f), file_name=f) 
           }))

然後你可以做你喜歡「用」類型的動作什麼的。此外，不要忘記調整各種read.csv選項，以滿足您的需求。

E.g.一旦你有以上，你可以做以下（以及更多）：

library(data.table) 
dt = data.table(all_data) 

dt[, list(mean(score), median(score)), by = file_name]

小記：你也可以使用data.table的fread，以代替read.table及其衍生物讀取文件，而且速度會更快，而我們在這個時候，請使用rbindlist而不是do.call(rbind,。

來源

2013-05-02 19:39:54 eddi

除了輸出三列：「pos」，「score」和「file_name」以外，這使得我成爲那裏的一部分，因此所有數據都在列中連續列出，而不是按每個文件分隔列。有什麼建議麼？ – stephanhart 2013-05-02 20:06:23

這個問題可以分兩個步驟來解決：

步驟1.閱讀您的CSV文件中的數據轉換成數據幀的列表，其中files是文件名的載體。如果您需要爲read.csv添加額外參數，請添加它們，如下所示。詳情請參閱?lapply。

list_of_dataframes <- lapply(files, read.csv, stringsAsFactors = FALSE)

第2步：計算單元，每個數據幀：

means <- sapply(list_of_dataframes, function(df) mean(df$score))

當然，你總是可以做到在一個步驟是這樣的：

means <- sapply(files, function(filename) mean(read.csv(filename)$score))

來源

2013-05-02 19:55:56

這樣做（加上標題= TRUE）。謝謝。 – stephanhart 2013-05-02 20:27:20

很高興工作。請考慮接受這個答案，如果它解決了你的問題。 – 2013-05-02 21:25:32

合併R中不同行的多個文件

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