文件進行排序，然後對他們中的每一個

我有一個包含文件的目錄編號這樣文件進行排序，然後對他們中的每一個

1>chr1:2111-1111_mask.txt 
1>chr1:2111-1111_mask2.txt 
1>chr1:2111-1111_mask3.txt 
2>chr2:345-678_mask.txt 
2>chr2:345-678_mask2.txt 
2>chr2:345-678_mask3.txt 
100>chr19:444-555_mask.txt 
100>chr19:444-555_mask2.txt 
100>chr19:444-555_mask3.txt

每個文件都包含像在第一線>chr1:2111-1111的名稱，並在第二一系列字符的執行命令線。我需要使用>之前的數字作爲參考，在數字上對此目錄中的文件進行排序，對_mask3中的每個文件執行命令並使用。

我有這樣的代碼

ls ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt | sort -n | for f in ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt 
    do 
    read FILE 
    Do something with each file and list the results in output file including the name of the string 
    done

它的工作原理，但是當我檢查輸出文件中的字符串列表，他們都是這樣

>chr19:444-555 
>chr1:2111-1111 
>chr2:345-678

爲什麼呢？

來源

2016-02-29 Marco

您最好不要將'>'字符作爲文件名的一部分。在處理名稱錯誤的地方，它被解釋爲一個命令而不是文件名，'> chr19：444-555'會將'chr19：444-555'截斷爲'0'或將stdin中的任何內容重定向到文件' chr19：444-555' –

[你不應該爲你的腳本解析'ls']的輸出（http://mywiki.wooledge.org/ParsingLs），對於初學者！不知道在這種情況下替代是什麼。 – miken32

所以......我不確定這裏有什麼「有效」，就像你說的問題一樣。

看起來好像你有兩個問題。

你的文件不在有序
文件名稱具有領先的數字去掉

尋址1，你的命令ls ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt | sort -n | for f in ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt這裏不作一大堆的道理。您正在從ls獲取文件列表，然後管理這些文件進行排序。這可能會給你你正在尋找的輸出，但是你把它輸給for，這沒有任何意義。

其實你可以重寫你的整個腳本

for f in ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt 
    do 
    read FILE 
    Do something with each file and list the results in output file including the name of the string 
    done

你會具有完全相同的輸出。爲了得到這個排序，你可以這樣做：

for f in `ls ./"$INPUT"_temp/*_mask3.txt | sort -n` 
    do 
    read FILE 
    Do something with each file and list the results in output file including the name of the string 
    done

至於意外截斷，在您的文件名>字符是在你的bash shell重要，因爲它指示前面的命令的標準輸出到指定的文件。您需要確保當您使用循環中的變量$f時，您會堅持引用該事件以防止bash誤解文件名稱command > file類型的事物。

來源

2016-02-29 19:20:00 JNevill

文件進行排序，然後對他們中的每一個

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