防止snakemake製作輸出目錄

Question

有沒有辦法阻止snakemake製作一個不存在的輸出目錄？

fimo如果該目錄已經存在，則MEME套件會在運行結束時惱人地失敗。

我的解決方法是給fimo一個與我在output中指定的目錄不同的目錄，但想知道是否有更直接/優雅的解決方案。

實例給出：

rule generate_scan: 
     output: 
      PROJECT_BASE + '/results/fimo_scan/fimo.txt' 
     params: 
      genome = '/home/hjp/ImmuneProject/hg19_reference/hg19.fa', 
      motif_database = PROJECT_BASE + '/motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv10_HUMAN_mono_meme_format.meme', 
      tmp = 'results/tmp_fimo' 
     shell: 
      '/home/hjp/meme/bin/fimo' 
      ' -o {params.tmp}' 
      ' --motif GATA2_HUMAN.H10MO.A' 
      ' {params.motif_database}' 
      ' {params.genome}' 
      ' && ' 
      'mv {params.tmp}/* {PROJECT_BASE}/results/fimo_scan/' 
      ' && ' 
      'rm -rf {params.tmp}' 

提前感謝！

Answer 1

目前，你不能直接在Snakemake中預防這種情況（大多數工具會抱怨反過來）。但是，我只是在輸出目錄上預先調用了fimo的實際調用rm -r。