使用帶有表格格式和數據列的pytables創建HDF5文件

我想讀取先前使用PyTables創建的h5文件。使用帶有表格格式和數據列的pytables創建HDF5文件

該文件使用Pandas讀取，並與一些條件，像這樣：

pd.read_hdf('myH5file.h5', 'anyTable', where='some_conditions')

從另一個問題，我已被告知，爲了對H5文件是「可查詢」與read_hdf's where說法它必須寫在table format，此外，一些列必須聲明爲data columns。

我在PyTables文檔中找不到任何關於它的信息。

有關PyTable的create_table方法的文檔沒有提供任何有關它的信息。

所以，現在，如果我嘗試使用類似的東西在我的H5文件createed與PyTables我得到如下：

>>> d = pd.read_hdf('test_file.h5','basic_data', where='operation==1') 
C:\Python27\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py:3070: IncompatibilityWarning: 
where criteria is being ignored as this version [0.0.0] is too old (or 
not-defined), read the file in and write it out to a new file to upgrade (with 
the copy_to method) 

    warnings.warn(ws, IncompatibilityWarning) 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 323, in read_hdf 
    return f(store, True) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 305, in <lambda> 
    key, auto_close=auto_close, **kwargs) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 665, in select 
    return it.get_result() 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 1359, in get_result 
    results = self.func(self.start, self.stop, where) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 658, in func 
    columns=columns, **kwargs) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 3968, in read 
    if not self.read_axes(where=where, **kwargs): 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 3196, in read_axes 
    values = self.selection.select() 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 4482, in select 
    start=self.start, stop=self.stop) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\tables\table.py", line 1567, in read_where 
    self._where(condition, condvars, start, stop, step)] 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\tables\table.py", line 1528, in _where 
    compiled = self._compile_condition(condition, condvars) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\tables\table.py", line 1366, in _compile_condition 
    compiled = compile_condition(condition, typemap, indexedcols) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\tables\conditions.py", line 430, in compile_condition 
    raise _unsupported_operation_error(nie) 
NotImplementedError: unsupported operand types for *eq*: int, bytes

編輯：

回溯提到關於IncompatibilityWarning東西和版本[0.0.0]，但是如果我檢查我的熊貓和表格的版本，我得到：

>>> import pandas 
>>> pandas.__version__ 
'0.15.2' 
>>> import tables 
>>> tables.__version__ 
'3.1.1'

所以，我TOT盟友困惑。

來源

2015-11-02 codeKiller

好，您正在使用熊貓讀取這個文件，所以文檔是[這裏]（http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/io的.html＃HDF5-pytables）。熊貓可以讀取PyTables的「表格」格式。所以不完全清楚你是如何創造的。 – Jeff

傑夫，這個問題不是關於閱讀是關於如何使用PyTables創建h5文件，並使表格具有'table'格式並使某些列成爲'數據列'以便能夠用熊貓讀取它們，並且此信息是不在PyTables文檔據我所知 – codeKiller

你必須使用熊貓來創建它們：pytables只是一個存儲層。請閱讀我指出的文檔 – Jeff

我有同樣的問題，這就是我所做的。

通過PyTables創建一個HDF5文件;
閱讀pandas.read_hdf和使用參數，這樣HDF5文件「裏= where_string，列= selected_columns」
我像下面的警告信息和其他錯誤信息：

d： \ Program Files \ Anaconda3 \ lib \ site-packages \ pandas \ io \ pytables.py：3065： IncompatibilityWarning：由於版本[0.0.0]太舊（或未定義），因此標準被忽略，讀入文件並寫出一個新文件進行升級（使用copy_to方法d）

warnings.warn（WS，IncompatibilityWarning）
我試圖像這樣的命令：

hdf5_store = pd.HDFStore（hdf5_file，模式= 'R'）

h5cpt_store_new = hdf5_store.copy（hdf5_new_file，complevel = 9，complib ='blosc'） h5cpt_store_new.close（）
然後像第2步一樣運行命令，它可以工作。

熊貓。版本 '0.17.1'

表。版本 '3.2.2'

來源

2016-09-16 18:05:50

使用帶有表格格式和數據列的pytables創建HDF5文件

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