將小數字傳入awk內部shell不起作用

Question

我想編寫一個包裝腳本，它需要一個小數字，例如1e-3，並將其用作選擇某些數據行的截止點。

假設我有一個input.txt中

region p-value 
brain 0.009 
breast 0.001 
liver 1e-7 
skin 1e-6 

我想用一個p值小於1e-5這是從我的玩具例如肝臟和皮膚較小的選擇區域。

我的劇本目前看起來像select.sh

#!/bin/bash 
file=$1 
column=$2 
cutoff=$3 

awk -v a="$column" -v b="$cutoff" '{ if (a < b) print}' $file > $file'.'$cutoff 

我會像這樣運行：

bash select.sh input.txt 2 1e-5 

這不工作...但是，如果我直接鍵入終端AWK線， 有用。

awk '{if ($2 < 1e-5) print}' input.txt > input.1e-5 

所以我知道這可能是awk在shell環境中的一些東西，我不知道。有誰知道如何解決它？

更新：我試圖通過0.00001進入命令，它也沒有工作。

謝謝！

Answer 1

你在if (a<b)的電話中缺少$：如果你想參考列號a，你必須說$a。

只要做到：

awk -v a="$column" -v b="$cutoff" '{ if ($a < b) print}' $file > $file'.'$cutoff 
             ^

或者更短： ''

awk -v a="$column" -v b="$cutoff" '$a < b' "$file" > "$file.$cutoff" 
                ^^^^^^^^^^^^^^^ 
            Charles Duffy's security check