錯誤而R中

Question

打開DICOM文件我嘗試使用下面的代碼中的R DICOM文件：

library(oro.dicom) 
dcmobject <- readDICOMFile(filename) 

某些文件正確地打開，我可以顯示它們。但是，某些文件給不同類型的錯誤：

第一個錯誤：對於一些人，我得到的錯誤：

Error in file(con, "rb") : cannot open the connection 

二錯誤：在其他國家，我得到下面的錯誤與DICOM文件：http://www.barre.nom.fr/medical/samples/files/OT-MONO2-8-hip.gz：

Error in readDICOMFile(filename) : DICM != DICM 

第三個錯誤：此文件提供了以下錯誤：http://www.barre.nom.fr/medical/samples/files/CT-MONO2-16-chest.gz

Error in parsePixelData(fraw[(132 + dcm$data.seek + 1):fsize], hdr, endian, : 
    Number of bytes in PixelData not specified 

第四錯誤：一個DICOM文件提供了以下錯誤：

Error in rawToChar(fraw[129:132]) : embedded nul in string: '\0\0\b' 

我怎樣才能擺脫這些錯誤，並顯示在R這些圖片？

編輯：

此示例文件給出了錯誤 '在字符串中嵌入NUL ...'： http://www.barre.nom.fr/medical/samples/files/CT-MONO2-12-lomb-an2.gz

> jj = readDICOMFile("CT-MONO2-12-lomb-an2.dcm") 
Error in rawToChar(fraw[129:132]) : embedded nul in string: '3\0\020' 

Answer 1

有四種不同的錯誤，在此票強調：

1. Error in file(con, "rb") : cannot open the connection

這與oro.dicom不存在問題，只是文件路徑和/或名稱被錯誤指定。

Error in readDICOMFile(filename) : DICM != DICM

的文件不是有效的DICOM文件。也就是說，DICOM標準第10部分的7.1節（可在http://dicom.nema.org處指定）應該有（a）長度爲128個字節的文件前綴和（b）在一個開頭的四字節DICOM前綴「DICM」 DICOM文件。文件OT-MONO2-8-hip不符合此標準。人們可以進一步使用debug=TRUE輸入參數

> dcm <- readDICOMFile("OT-MONO2-8-hip.dcm", debug=TRUE) 
# First 128 bytes of DICOM header = 
    [1] 08 00 00 00 04 00 00 00 b0 00 00 00 08 00 08 00 2e 00 00 00 4f 52 49 47 49 4e 41 4c 5c 53 45 
[32] 43 4f 4e 44 41 52 59 5c 4f 54 48 45 52 5c 41 52 43 5c 44 49 43 4f 4d 5c 56 41 4c 49 44 41 54 
[63] 49 4f 4e 20 08 00 16 00 1a 00 00 00 31 2e 32 2e 38 34 30 2e 31 30 30 30 38 2e 35 2e 31 2e 34 
[94] 2e 31 2e 31 2e 37 00 08 00 18 00 1a 00 00 00 31 2e 33 2e 34 36 2e 36 37 30 35 38 39 2e 31 37 
[125] 2e 31 2e 37 
Error in readDICOMFile("OT-MONO2-8-hip.dcm", debug = TRUE) : DICM != DICM 

顯而易見的是，在第一128個字節包含信息調查這個問題。現在可以使用該參數skipFirst128=FALSE和DICM=FALSE開始從文件的開頭讀出信息

dcm <- readDICOMFile("OT-MONO2-8-hip.dcm", skipFirst128=FALSE, DICM=FALSE) 
image(t(dcm$img), col=grey(0:64/64), axes=FALSE, xlab="", ylab="") 

3.

Error in parsePixelData(fraw[(132 + dcm$data.seek + 1):fsize], hdr, endian, : 
    Number of bytes in PixelData not specified 

的文件CT-MONO2-16-chest.dcm使用JPEG壓縮編碼。 R包oro。dicom不支持壓縮。

Error in rawToChar(fraw[129:132]) : embedded nul in string: '\0\0\b'

我不得不推測，由於文件不可用於直接詢問。此問題與作爲DICOM標準一部分的「DICM」字符檢查有關。如果失敗，那麼可以假定該文件不是有效的DICM文件。我會考慮在未來的版本oro.dicom中提供更多的信息。

編輯：謝謝你提供一個鏈接到適當的文件。該文件處於「ARC-NEMA 2」格式。 R包oro.dicom尚未設計爲讀取此類文件。我修改了代碼以改善錯誤跟蹤。