MPI_Comm_size分段故障

MHM，你好，大家都是在運行並行程序在室內用Linux的MPI和OpenMP的時候得到這些錯誤，MPI_Comm_size分段故障

[node65:03788] *** Process received signal *** 
[node65:03788] Signal: Segmentation fault (11) 
[node65:03788] Signal code: Address not mapped (1) 
[node65:03788] Failing at address: 0x44000098 
[node65:03788] [ 0] /lib64/libpthread.so.0 [0x2b663e446c00] 
[node65:03788] [ 1] /public/share/mpi/openmpi- 1.4.5//lib/libmpi.so.0(MPI_Comm_size+0x60) [0x2b663d694360] 
[node65:03788] [ 2] fdtd_3D_xyzPML_MPI_OpenMP(main+0xaa) [0x42479a] 
[node65:03788] [ 3] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4) [0x2b663e56f184] 
[node65:03788] [ 4] fdtd_3D_xyzPML_MPI_OpenMP(_ZNSt8ios_base4InitD1Ev+0x39) [0x405d79] 
[node65:03788] *** End of error message *** 
----------------------------------------------------------------------------- 
mpirun noticed that process rank 2 with PID 3787 on node node65 exited on signal 11 (Segmentation fault). 
-----------------------------------------------------------------------------

後，我分析的核心文件，我得到以下信息：

[Thread debugging using libthread_db enabled] 
[New Thread 47310344057648 (LWP 26962)] 
[New Thread 1075841344 (LWP 26966)] 
[New Thread 1077942592 (LWP 26967)] 

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault. 
[Switching to Thread 47310344057648 (LWP 26962)] 
0x00002b074afb3360 in PMPI_Comm_size() from /public/share/mpi/openmpi-1.4.5//lib/libmpi.so.0

這是什麼原因造成的？感謝您的幫助

代碼（TEST.CPP）如下，你可以試試：

#include <stdio.h> 
#include <stdlib.h> 
#include <omp.h> 
#include "mpi.h" 

int main(int argc, char* argv[]) 
{ 
int nprocs = 1; //the number of processes 
int myrank = 0; 
int provide; 

MPI_Init_thread(&argc,&argv,MPI_THREAD_FUNNELED,&provide); 
if (MPI_THREAD_FUNNELED != provide) 
{ 
    printf ("%d != required %d", MPI_THREAD_FUNNELED, provide); 
    return 0; 
} 

MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&nprocs); 
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myrank); 

int num_threads = 1;  //Openmp 
omp_set_dynamic(1); 
num_threads = 16; 
omp_set_num_threads(num_threads); 

#pragma omp parallel 
{ 
    printf ("%d omp thread from %d mpi process\n", omp_get_thread_num(), myrank); 

} 
MPI_Finalize(); 

}

來源

2013-10-16 kenan

你能告訴我們導致段錯誤的代碼嗎？您可能需要使用調試enablead編譯您的程序，並在像mpirun -np 2 xterm -e gdb -ex run parallel_program'這樣的調試器中運行它。 –

感謝您的幫助，我不知道哪個代碼會導致這種情況，我認爲它與MPI_Comm_size有關。對於源代碼太長而無法向您顯示，我感到抱歉。另外，代碼可以在Windows中運行。在將run_environment更改爲Linux之後，我使用makefile來編譯我的代碼，並且在運行「mpirun -np 8 parallel_program」時沒有任何錯誤，它具有上述錯誤。 – kenan

向我們展示'main'函數的相關部分，包括初始化MPI的方式以及如何調用'MPI_Comm_size'。 –

嗯，這可能不是很多，甚至有點跛腳的答案，但是在混合使用不同的MPI安裝（精確的OpenMPI和MVAPICH2）時，我遇到了這個問題。

這裏有一些事情要檢查

對你的鏈接是什麼版本的MPI的

ldd <application> | grep -i mpi 
    libmpi.so.1 => /usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/lib64/libmpi.so.1 (0x00007f90c03cc000)

是動態加載的是什麼版本的MPI的

echo $LD_LIBRARY_PATH | tr : "\n" | grep -i mpi 
/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/lib64

你是否覆蓋此動態加載（這個變量應該是空的，除非你知道自己在做什麼）

echo $LD_PRELOAD

如果這一切OK，你需要檢查你鏈接到的每個庫都依賴於MPI，並且鏈接到相同的版本。如果沒有其他庫鏈接到MPI，則不應出現任何內容。

ldd <application> | sed "s/^\s*\(.*=> \)\?//;s/ (0x[0-9a-fA-F]*)$//" | xargs -L 1 ldd | grep -i mpi

如果一些可疑的事不露面，說libmpich.so.3 => /usr/lib64/mpi/gcc/MVAPICH2/1.8.1/lib/libmpich.so.3例如，您應該刪除-L 1和的東西代替grep的可視化（沒有？或者less，或vim - ...），然後搜索對於那條嫌疑線。

來源

2015-01-13 14:10:46 Cimbali

MPI_Comm_size分段故障

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