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我想建立使用基於該視頻數據和模型pymc3一個模型的Emax .. (約40分鐘中)在pymc3創建的Emax模型
https://www.youtube.com/watch?v=U9Nf-ZYHRQA&feature=youtu.be&list=PLvLDbH2lpyXNGV8mpBdF7EFK9LQJzGL-Y
我的代碼是在這裏...
pkpd_model = Model()
with pkpd_model:
# Hyperparameter Priors
mu_e0 = Normal('mu_e0', mu=0, tau =1000)
tau_e0 = Uniform('tau_e0', lower=0, upper =100)
mu_emax = Normal('mu_emax', mu=0, tau =1000)
tau_emax = Uniform('tau_emax', lower=0, upper =100)
e0 = Lognormal('e0', mu = mu_e0, tau=tau_e0, shape =n_studies)
emax= Lognormal('emax', mu = mu_emax, tau =tau_emax, shape =n_studies)
ed50 = Lognormal('ed50', mu=1, tau = 1000)
# Normalise sigma for sample size
sigma = np.sqrt(np.square(Uniform('sigma', lower = 0, upper = 1000))/n)
# Expected value of outcome
resp_median = e0[study] + (emax[study]*dose)/(ed50+dose)
# Likelihood (sampling distribution) of observations
resp = Lognormal('resp', mu=resp_median, tau =sigma, observed =mean_response)
resp_pred = Lognormal('resp_pred', mu=resp_median, tau =sigma, shape =len(dose))
的型號R沒有問題,也沒有問題,只是模型參數的後驗估計並不接近我的預期。例如我的emax估計大約是2,但是你可以從數據中清楚地看到它應該在10左右。所以我只能假設我在構建模型時犯了一個錯誤,但是我不能爲我的生活看到它是什麼是。
你能幫忙嗎?
感謝
馬克