鏈接動態和靜態庫RCPP

我在使用靜態庫和動態庫鏈接的過程，但是，我碰到這個錯誤：鏈接動態和靜態庫RCPP

/usr/bin/ld: ../src/SeqLib/bin//libseqlib.a(libseqlib_a-FermiAssembler.o): relocation R_X86_64_32S against `_ZNSs4_Rep20_S_empty_rep_storageE' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC

這裏是我的Makevars文件看起來像：

(cd SeqLib; ./configure --enable-shared; make) 
PKG_CPPFLAGS= -I../src/SeqLib/ -I../src/SeqLib/fermi-lite/ -I../src/SeqLib/htslib/cram/ -I../src/SeqLib/htslib/htslib/ -I../src/SeqLib/htslib/ -I../src/SeqLib/bwa/ 
PKG_LIBS=-fPIC -enable-shared-lib -L../src/SeqLib/bin/ -lbwa -lfml -lhts -lseqlib

我不明白爲什麼當我在PKG_LIBS變量中包含-fPIC選項時出現此錯誤。

來源

2016-11-21 Crt

你的問題有沒有關係RCPP，真的，但表示存在問題，你正在創建一個可用的R包（考慮到你自己施加的限制）。一個十幾年來一直在做這件事的oldie-but-goldie是Matrix軟件包，它的[src/Makevars]（https://github.com/cran/Matrix/blob/master/src/Makevars）可能會幫助你您。 –

@DirkEddelbuettel「你的問題與Rcpp無關，」爲了其他讀者，你怎麼知道這一點？這是什麼意思？在devtools :: load_all（）後，錯誤狀態爲「用-fPIC重新編譯」，即使包含此標誌。這看起來像一個Rcpp問題：http：// stackoverflow。com/questions/21094740/linking-rcpp-to-interp2d-gsl-type-library – EB2127

如何設置'src/Makevars'與使用編譯代碼的R包相關。對於Rcpp，我們只是使用標準的R構建工具和說明，這就是您遇到的問題。並且很簡單：錯誤信息來自編譯器，您用來驅動它的工具可能是'devtools'。再次，沒有Rcpp在這裏。 –

-fPIC是僅編譯標誌。如果在鏈接時包含它，編譯器會對此提出投訴。如果您正在使用Makefile編譯項目（您未包括如何使用問題中引用的變量），最好的方法是在PKG_CFLAGS中定義-fPIC，以防您的項目僅包含共享對象目標。我不知道Makevars的情況，但可能後續的討論會給你一些關於如何解決你的問題的提示。

如果你正在構建的程序和共享庫，最好的辦法是定義一個新的.SUFFIXES依賴（姑且稱之爲.pic_o），並定義一個名爲PKG_SHAREDCFLAGS=-fPIC變量，然後包括一個規則來編譯這些依賴，因爲這片斷所示：

PKG_SHAREDCPPFLAGS = -fPIC 
.SUFFIXES: .pic_o 
.c.pic_o: 
    $(CPP) $(PKG_CPPFLAGS) $(PKG_SHAREDCPPFLAGS) -c [email protected] -o $< 

libshared.so_objs = a.pic_o b.pic_o c.pic_o 
libshared.so: $(libshared.so_objs) 
    $(CPP) $(PKG_LDFLAGS) $(LDFLAGS) -o [email protected] $(libshared.so_objs) $(libshared.so_libs)

.pic_o是.o文件與PIC標誌編譯（又名P osition 我 ndependent ç ODE）這是需要用於將要成爲共享對象的一部分的對象文件。

將所有代碼編譯爲-fPIC並不危險，因爲鏈接器將PIC文件靜態鏈接到代碼中沒有問題（位置獨立文件只會在程序中引入一點開銷，因爲編譯器會保留一個偏移寄存器控制庫的最終加載位置，這樣可以減少一個寄存器的使用）引入新的.pic_o後綴將允許生成靜態和動態版本的庫，因此靜態版本只鏈接編譯時沒有編譯的對象-fPIC動態的使用PIC。假設您有一個庫，由a.c,b.cc.c文件組成，並且您想從它們生成動態庫和靜態庫。下面的方法將成功：

# All the targets. 
targets=libA.a libA.so.3.0 
TOCLEAN += $(targets) 

# object files of the libA.a static library. 
libA.a_objs = a.o b.o c.o 
TOCLEAN += $(libA.a_objs) 

# object files of the libA.so.3.0 dynamic library. 
libA.so.3.0_objs = a.pic_o b.pic_o c.pic_o 
TOCLEAN += $(libA.so.3.0_objs) 
libA.so.3.0_libs = -lc 

all: $(targets) 
clean: 
    rm -f $(TOCLEAN) 

.PHONY: all 
.SUFFIXES: .pic_o 

libA.a: $(libA.a_objs) 
    $(AR) -r [email protected] $? 
    $(RANLIB) [email protected] 

.c.pic_o: 
    $(CC) $(CFLAGS) -fPIC -c $< -o [email protected] 

libA.so.3.0: $(libA.so.3.0_objs) 
    $(LD) -shared $(libA.so.3.0_objs) $(libA.so.3.0_libs) -o [email protected]

和執行：

[email protected]:~/pru_19091$ make clean all 
rm -f libA.a libA.so.3.0 a.o b.o c.o a.pic_o b.pic_o c.pic_o 
cc -O2 -pipe -c a.c -o a.o 
cc -O2 -pipe -c b.c -o b.o 
cc -O2 -pipe -c c.c -o c.o 
ar -r libA.a a.o b.o c.o 
ar: warning: creating libA.a 
ranlib libA.a 
cc -O2 -pipe -fPIC -c a.c -o a.pic_o 
cc -O2 -pipe -fPIC -c b.c -o b.pic_o 
cc -O2 -pipe -fPIC -c c.c -o c.pic_o 
ld -shared a.pic_o b.pic_o c.pic_o -lc -o libA.so.3.0

想我碰文件b.c：

[email protected]:~/pru_19091$ touch b.c 
[email protected]:~/pru_19091$ make 
cc -O2 -pipe -c b.c -o b.o 
ar -r libA.a b.o 
ranlib libA.a 
cc -O2 -pipe -fPIC -c b.c -o b.pic_o 
ld -shared a.pic_o b.pic_o c.pic_o -lc -o libA.so.3.0

來源

2016-11-23 10:20:52

鏈接動態和靜態庫RCPP

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