從shell腳本中的獨特文件生成不同的文件名

Question

我需要執行我的evaluateParameters.pl Perl程序，爲此，我想創建一個shell腳本。

#!/bin/bash 

COVARIANCE=~/Desktop/ncRNA/CovarianceModels/rRNAs_cov/bitscores.rRNA.dat   # First input FILE 
BASEPATH='/Desktop/ncRNA/Data/Inputs/rRNAs/60/' 

TRUEFILES=~/$BASEPATH/Infernal/*.table     # Second input File 
CONTROLFILES=~/$BASEPATH/RandomControl/Infernal/*.table # third input file 
INPUTFILES=~/$BASEPATH/*.fasta       # fourth input file 
for i in $COVARIANCE 
do 
    NAME1=`basename $i` 
    for t in $TRUEFILES 
    do 
     # i.e : 1dvex4_rRNA_cin.out.db.location.fasta.RF00001.cm.tab.table 
     NAME=`basename $t` 
     echo "Calculating the parameters to $NAME" 

     # I need modify $NAME to convert in: 1dvex4_rRNA.cin.out.db.location.fasta 
     FILER=$(echo $NAME | sed s/(.*\.fasta)\.(.*\.tab\.table)/\1/g) 

     # I need modify $NAME to convert in: 
     # 1dvex4_rRNA.cin.out.db.location.fasta.mutant.fasta.RF00001.cm.tab.table 
     FILEM=$(echo $NAME | sed s/(.*\.fasta\.)(.*\.tab\.table)/\1\.mutate\.fasta\2/g) 
     perl evaluateParameters.pl $i ~/$BASEPATH/Infernal/$NAME ~/$BASEPATH/RandomControl/Infernal/$FILEM ~/$BASEPATH/$FILER 
     echo "END!" 
    done 
done 

最後的代碼給我跟着警告：

Calculating the parameters to         10dvex1_rRNA_ce.out.db.location.fasta.RF00001.cm.tab.table.false.table.false.table.true.table.true.table.true.table .false.table 
./obtainParameters.sh: command substitution: line 31: syntax error near unexpected token `(' 
./obtainParameters.sh: command substitution: line 31: `echo $NAME | sed s/(.*\.fasta)\.(.*\.tab\.table)/\1/g' 
./obtainParameters.sh: command substitution: line 32: syntax error near unexpected token `(' 
./obtainParameters.sh: command substitution: line 32: `echo $NAME | sed s/(.*\.fasta\.)(.*\.tab\.table)/\1\.mutate\.fasta\2/g' 

一些想法？我想這個錯誤是在$ NAME的正則表達式中，但我無法獲得正確的正則表達式結果。提前致謝！

Answer 1

有跡象表明，我跳了幾件事情：

1）你做的和做報表不匹配（你有一個額外的「完成」）。

2）把單引號括在你的sed表達式中;括號被bash解釋爲一個子過程。

一個優秀的語法高亮編程文本編輯器對此有很大的幫助。