如何在igraph中自動生成多個網絡？

我有一些數據，我將在igraph中使用。每個樣本有兩個數據框：一個帶有一個鏈接列表，另一個帶有一個節點列表。 IGRAPH使用這些dataframes以產生淨如：如何在igraph中自動生成多個網絡？

net1 <- graph_from_data_frame(d=sample1links, vertices=sample1nodes)

其中sample1links和sample1nodes不同dataframes。

我有很多不同的樣品，所以如果我可以自動化這個過程會很好。有沒有一種方法可以用來完成上述過程來生成樣本的所有網絡（即net1-netn，其中n是樣本數）？

非常感謝任何人可以幫助！

來源

2016-10-10 Dom Burns

你可以嘗試把所有樣品DFS在列表中，然後使用'sapply（）'或'地圖（）'。 – Jimbou

感謝您的回覆。你知道我如何告訴R在sapply或Map中將sample1鏈接鏈接到sample1nodes，sample2links鏈接到sample2nodes等等嗎？ –

下面是一個例子：

library(igraph) 

# 2 example graphs as data frames 
sample1nodes <- read.table(text = "a\nb\n\nc\nd\ne") 
sample1links <- read.table(text = "a c\n\nb c\nc d") 
sample2nodes <- read.table(text = "A\nB\n\nc\nd\ne") 
sample2links <- read.table(text = "A c\n\nB c\nc d") 

# create igraph objects from data frames in a list 
glst <- Map(graph_from_data_frame, d=mget(ls(pattern = "sample\\d+links")), vertices=mget(ls(pattern = "sample\\d+nodes"))) 
names(glst) <- paste0("net", sub("sample(\\d+)links", "\\1", names(glst))) # rename list objects 

# Store list elements in the global environment under their names 
list2env(glst, envir = .GlobalEnv) 

# plot 
par(mfrow = c(1,2)) 
plot(net1) 
plot(net2)

來源

2016-10-10 11:24:01 lukeA

太棒了！感謝那。我只有一個問題，所以目前這個問題確實很好，但只能到樣本9。一旦樣本數量達到兩位數，它就不再起作用了。你知道這可能是爲什麼嗎？ –

哎呀，你是對的 - 正則表達式必須是'pattern =「sample \\ d + links」'，而不是'pattern =「sample \\ dlinks」' – lukeA

令人驚歎！非常感謝！ –

如何在igraph中自動生成多個網絡？

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