多條線路上的sed命令不起作用

Question

我使用sed替換14個不同的縮寫，如CA_23456，CB_scaffold34532，...以及文件中的「正確」名稱，它將所有縮寫放在一行中。

acc=$1 

sed -e 's/CA_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_arizonica/;s/CB_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_bakeri/;s/CM_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_macrocarpa/;s/CS_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Cupressus_sempervirens/;s/CT_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Cupressus_torulosa/;s/JD_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_drupacea/;s/JF_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_flaccida/;s/JI_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_indica/;s/JP_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_phoenicea/;s/JX_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_procera/;s/JS_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Juniperus_scopulorum/;s/MD_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Microbiota_decussata/;s/XN_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Xanthocyparis_nootkatensis/;s/XV_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Xanthocyparis_vietnamensis/' ${acc}.nex > ${acc}_replaced.nex 

爲了使其更具可讀性，我想有超過使用多行命令分裂「\」（不是所有的替代品都顯示爲簡潔起見）

acc=$1 

sed -e 's/CA_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_arizonica/;\ 
s/CB_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_bakeri/;\ 
s/CM_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_macrocarpa/'\ 
${acc}.nex > ${acc}_replaced.nex 

不過，我得到一個錯誤消息：sed：-e表達式＃1，字符168：未終止的地址正則表達式。我已經查看了各種webforums上的類似問題的答案，並嘗試了各種各樣的東西（在每一行使用'/.../.../'，離開';'出來......），但是我不能讓它工作。我究竟做錯了什麼？

Answer 1

刪除逃脫換行符的\。 （他們實際上並沒有這樣做，他們被sed解釋爲錯誤的語法）。不過我建議把它放到一個文件並運行它像這樣：

sed -f script.sed input 

其中script.sed看起來是這樣的：

s/CA_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_arizonica/ 
s/CB_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_bakeri/ 
s/CM_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_macrocarpa/ 

Answer 2

從sed的代碼刪除反斜槓。

在帶單引號的shell字符串中，不需要反斜槓來轉義換行符，也不會因爲它們未被解析爲轉義字符而被刪除。這會導致sed將它們視爲其代碼的一部分，然後在命令在下一個換行符（類似於\,/home/, !d）結束之前，預計會找到一個地址正則表達式，其格式與/不同。這個地址的正則表達式沒有出現（也沒有相關的命令），所以sed抱怨無效的代碼。

除此之外：當您使用換行符終止命令時，sed代碼中的分號不再是必需的，涉及shell變量的任何內容都應引用以避免在空格時分裂。

總之：

sed -e 's/CA_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_arizonica/ 
     s/CB_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_bakeri/ 
     s/CM_[A-Z]*[a-z]*[0-9]*/Hesperocyparis_macrocarpa/' \ 
    "${acc}.nex" > "${acc}_replaced.nex"