2016-04-26 160 views
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我有5個維度的空間質心,給出爲centroid<-c(-0.0160560385542169, -0.0125691807228916, -0.000605079518072289, -0.00174781445783133, -0.0199511518072289)。我還有一個包含5個樣本的矩陣,其中PCA1:PCA5代表這些樣本的點的5個維度。我怎樣才能從質心計算每個樣本的歐氏距離?如果是從一點到另一點的距離,我可以簡單地完成dist(mymat[,-1]),但我不知道如何從質心獲得距離。有人可以建議嗎?如何計算從質心到多維空間點的距離

mymat<- structure(c("10687:G41F", "10687:SKDP-225.3", "10687:2671", "10687:LPH-001-16_SCC", 
"10687:MC1R-694CB-T", "-0.0039950", "-0.0203415", "-0.0200395", 
"-0.0147320", "-0.0196970", "-0.0140180", "-0.0181240", "-0.0165090", 
"-0.0148700", "-0.0170765", "-0.0136615", "-0.0010915", "-0.0014500", 
" 0.0020240", "-0.0021095", "-0.0002395", "-0.0019710", "-0.0017595", 
" 0.0036180", "-0.0036255", "-0.0184015", "-0.0197400", "-0.0238185", 
"-0.0282375", "-0.0323130"), .Dim = 5:6, .Dimnames = list(c("1", 
"2", "3", "4", "5"), c("samples", "PCA1", "PCA2", "PCA3", 
"PCA4", "PCA5"))) 

回答

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DIST應該推廣到你想要但是許多方面...

centroid <- c(-0.0160560385542169, -0.0125691807228916, -0.000605079518072289, 
-0.00174781445783133, -0.0199511518072289) 
rbind(c("centroid", centroid), mymat) -> k 
dist(k, "euclidean") -> dd 
as.matrix(dd) -> dd 
k[,1] -> rownames(dd) 
as.data.frame(dd) 
dd[2:6,1] -> dist_to_centroid 
View(as.data.frame(dist_to_centroid)) 
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它是從這些點從空間(我想要的東西)的質心的距離不是有什麼不同? – MAPK

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你的代碼給了我從一個點到另一個點的距離。而我想要這些點與質心的距離。對不起,我對你所做的事感到困惑。 – MAPK

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你想知道每個點到質心的距離,對嗎?如果是這樣的話,那麼我給出的代碼應該是正確的。我不明白你指的另一個問題。 – Chris