doParallel似乎破壞輸出不明原因

我試圖運行下面的代碼並行格式（用於EWAS目的）：doParallel似乎破壞輸出不明原因

registerDoParallel(2) 

combined <- foreach(i = 28:78, .combine=rbind) %dopar%     
{ 
mm<-rep(NA,412) 

FIDunique<-unique(pheno$FID) 
for(j in FIDunique) 
{ 
    nn<-which(pheno1$FID==j) 
    mm[nn]<-mean(pheno1[nn,i]) 
} 
tt4<-which(!is.na(mm)) 

if(length(tt4)>19 & length(table(pheno1[,i]))>1) 
{ 
    meth<-pheno1[tt4,i] 
    mm<-mm[tt4] 

    if(length(levels(factor(pheno1$smoking)))<2) 
    { 
    lme2<-tryCatch(lme(I(meth-mm)~delta_residSpine+I(DNA_year-AGE_year)+CD8T+CD4T+NK+Bcell+Mono+Gran,random=~1|FID, control=lmeControl(msMaxIter=50000,opt="optim"), data=pheno1[tt4,]),error = function(e) rep (NaN,1)) 
    } 
    else 
    { 
    lme2<-tryCatch(lme(I(meth-mm)~delta_residSpine+I(DNA_year-AGE_year)+factor(smoking)+CD8T+CD4T+NK+Bcell+Mono+Gran,random=~1|FID, control=lmeControl(msMaxIter=50000,opt="optim"), data=pheno1[tt4,]),error = function(e) rep (NaN,1)) 
    } 

    if(!is.na(lme2)) out18[i-27,2:5]<-summary(lme2)$tTable[2,-3] 

    rm(mm,nn,meth,lme2) 
} 

out18[i-27,6]<-length(tt4) 
out18[i-27,] 
}

我遇到的問題是，當我使用％但是當我使用％dopar％（如上面的代碼所示）時，the middle four columns of combined dissapear.我想這是由於這四列是基於tryCatch分配？我一直堅持這幾天，真的需要取得進展。

這也是值得什麼，當我運行該程序作爲％的人％，我得到警告

警告在如果out18 [我 - 27，2（is.na（lme2）！）： 5] < - 摘要（lme2）$ TTable的[2,1：條件具有長度> 1且只有第一元件將用於每次迭代中使用

，但我不下運行時得到這在所有％dopar％。

道歉，如果我還沒有給出足夠的信息關於變量是什麼，我試圖儘可能少地披露出於道德原因正在處理的實際信息。

來源

2017-04-20 Aiden

它不容易跟隨你的問題。你在做什麼Os？ '％do％'和'％dopar％'絕對沒有相同的行爲，'％dopar％'可以依賴於Os。 – clemlaflemme

您的問題可能來自您嘗試在使用'foreach'（即out18'數組）時更新一個值，這是沒有意義的。嘗試使用新的矢量，並只返回它。 '.combine'選項將正確地捕獲結果 – clemlaflemme

我認爲你是正確的，一個意外的錯誤被tryCatch隱藏。例如，由於您使用的是lme函數，您不應該在工人上加載nlme包嗎？如：

r <- foreach(i = 28:78, .packages='nlme', .combine=rbind) %dopar% { 
    #snip 
}

可能還有其他的問題，例如必須明確導出的對象，所以我建議你改變你的代碼就毫不掩飾意想不到的錯誤，尤其是在測試/調試。一個簡單的方法是記錄錯誤，然後返回適當的值：

tryCatch(foo(), error = function(e) { 
    print(e) 
    NaN 
})

爲了看到這些日誌信息，你可以使用makeCluster outfile=""選項，這樣的消息將在您的終端顯示。有關更多信息，請參閱this answer。

我也建議你改變你的測試是這樣的：

if (!identical(lme2, NaN)) ...

這將避免該警告時lme2不是NaN因爲identical永遠不會返回長度爲一個值> 1

來源

2017-04-21 13:23:26

doParallel似乎破壞輸出不明原因

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