標記圓形的dendextend樹狀圖

Question

我試圖繪製組成數據的圓形樹狀圖。使用下面的代碼：

library(dendextend) 
library(circlize) 
library(compositions) 
data("Hydrochem") 
hydro<-Hydrochem 

d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") 
hc <- hclust(d, method = "average") 
dend <- as.dendrogram(hc) 
hydro$River <- as.character(hydro$River) 
labels(dend) <- hydro$River[order.dendrogram(dend)] 
plot(dend) 

我可以得到正常樹狀圖我想要的正確標籤訂單。

但是當我運行circlize_dendrogram(dend)，我得到這個：

什麼傷腦筋我是在中間樹形 - 當我不使用樹狀圖的標籤的順序（即只打字labels(dend) <- hydro$River），內樹狀圖很好，一切看起來都很棒。

我試過改變labels_track_height和dend_track_height的設置無濟於事，當我在較小的玩具數據集上運行相同的過程時，不會出現這個問題。

任何想法？

Answer 1

所以你實際上在你的代碼中出現了兩個問題： 1.標籤不是唯一的。 2.當您在樹狀圖對象中更新標籤後，情節不會爲標籤提供足夠空間

第一個問題可以通過向您提供的非唯一標籤添加數字來解決，從而使它們具有唯一性。解決第二個問題的方法是使用circlize_dendrogram函數中的labels_track_height參數。以下是更新後的代碼（注意最後一行，其中的差別）：

library(dendextend) 
library(circlize) 
library(compositions) 
data("Hydrochem") 
hydro<-Hydrochem 

d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") 
hc <- hclust(d, method = "average") 
dend <- as.dendrogram(hc) 

tmp <- as.character(hydro$River)[order.dendrogram(dend)] 
labels(dend) <- paste0(seq_along(tmp), "_", tmp) 
plot(dend) 
circlize_dendrogram(dend, labels_track_height = 0.4) 

你得到的輸出是這樣的：

（現在這是在dendextend 1.6自動完成。 0，目前在github上可用 - 後來也在CRAN上）

Answer 2

因此，解決這個問題（如果任何人都可以提供更多的細節請做，因爲我真的不明白爲什麼這很重要）是定義標籤後添加第二個dend <- as.dendrogram(hc)調用。因此，代碼如下所示：

d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") 
hc <- hclust(d, method = "average") 
dend <- as.dendrogram(hc) 
hydro$River <- as.character(hydro$River) 
labels(dend) <- hydro$River[order.dendrogram(dend)] 
dend <- as.dendrogram(hc) 
circlize_dendrogram(dend) 

其他用戶注意：這不能解決問題。